Poslije osvajanja Bosne od strane osmanskog sultana Mehmeda II El Fatiha, iz nje se odselio veliki broj vlastelinskog i seljačkog svijeta. Bosnu su napustili i mnogobrojni franjevci. Bilo je, međutim, i onih franjevaca koji su pod svaku cijenu namjeravali ostati u svojoj domovini. Prema franjevačkim hronikama i historičarima među takvim se naročito istakao, predvodnik bosanskih franjevaca, fra Anđelo Zvizdović. Vraćajući se iz osvojene zemlje, sultan Mehmed II se divio lijepim predjelima i požalio, da su svi ljepši krajevi opustjeli napuštanjem kršćanskog stanovništva. On se pobojao da će Bosna ostati bez stanovnika, koji bi je obrađivali, zato naredi da se potraži kršćanski poglavica. Dok se odmarao, pripovijeda franjevački historičar Batinić, na milodraževskom polju (selo kod Fojnice), dovedoše pred njega fra Anđela, koji mu slobodno reče zbog čega katolici napuštaju zemlju. Zbog toga sultan izda znamenitu Ahdnamu, 28. maja 1463. godine, po kojoj dade na znanje “svim plemenitim i neplemenitim, da je nosiocem ove povelje naklonjen” i zapovijeda, da niko njima i njihovim crkvama ne smije uzrokovati bilo kakvu štetu, te da kršćani slobodno mogu živjeti u njegovoj pokrajini bez ikakvog straha. Također navodi da slobodno mogu živjeti u svojim kućama i u njih dovoditi koga god žele i slobodno uživati u njima i svojim crkvama. Kazuje da će takvo stanje biti sve dok mu oni budu vjerni i pokorni. Ovim aktom stekli su katolici i franjevci potpunu slobodu ispovijedanja vjere.
Slobodno je djelovala i bosanska biskupija, koja se prvobitno nalazila u Blažuju kod Sarajeva, a od 1252. godine u Đakovu u Slavoniji. U doba pred osvajanje Bosne, 1459. godine, u Bosni se spominje biskup Pavao. Poznato je da je iste godine biskupiju preuzeo franjevac Grgur II koji će na njenom čelu ostati i u vrijeme osmanskog osvajanja Bosne. Od godine 1464. do 1468. spominje se bosanska biskupija vakantnom, a onda nam je poznat niz biskupa sve do Juraja Polečnika, koji je poginuo 1526. godine u Bici na Mohaču. Nakon ovoga je nastupilo teže razdoblje po biskupiju. Biskupe je imenovao kralj, ali su oni uglavnom stolovali u Ugarskoj ili Hrvatskoj. Novi biskup je stolovao u Bosni tek 1544. godine.
Franjevci su puno prije pada Bosne stekli ugled u zemlji. Bosanski franjevački vikar je zapravo bio glavni predstavnik katolika, jer biskupi, koji su stolovali u Đakovi, nisu toliko često posjećivali Bosnu. Pred pad Bosne vikarija je bila podijeljena u više okruga ili kustodija. Prema jednom spisu iz 1506. godine poznati su samostani u Kraljevoj Sutjesci, Visokom, Fojnici, Kreševu, Srebrenici, Olovu, Rami. Oni franjevci koji su bili pod upravom Ugarske, svoju državu su nazivali bosansko – hrvatskom, dok su oni koji su ostali u Bosni i priznali osmansku vlast, nju nazivali bosansko – srebreničkom, jer je samostan u Srebrenici bio sjedište bosanskih vikara. Godine 1517. bosanska vikarija je nazvana “Provincia argentina Bosnae”.
Obzirom da je svećenstvu bio zabranjen dolazak u Bosnu, franjevci su time ostali jedini predstavnici katoličanstva u Bosni. Oni su glavni razlog zbog čega su katolici prestali napuštati Bosnu i što su Bosnu prihvatili kao svoju domovinu. Vremenom su dobili i privilegije po kojima su mogli obavljati i biskupijske funkcije. Sultan ih je znao često angažirati i kao ljekare, jer su u svojim relikvijama liječili osmansku vojsku i muslimanski narod. U svojim samostanima su razvijali kulturni život i posebno prisan odnos prema knjizi, tako da su po znanju bili daleko ispred ostalih kršćana u zapadnoj Evropi. Franjevci su budno čuvali svoje stečene privilegije, a koliko su bili odani svjedoči i potvrda iz vremena sultana Sulejmana Veličanstvenog koji je 1520. godine izdao ferman u kojem nalaže bosanskom, zvorničkom i hercegovačkom sandžakbegu da ne traže nikakve poreze od franjevaca, jer ih oni ni do sada nisu plaćali, pošto ne posjeduju ni kuću, ni posjed a ni zemlju za obrađivanje, već žive od milostinje. I pored vjernosti franjevačkog reda prema Bosni, vremenom su katolici postepeno počeli napuštati Bosanski ejalet zbog saradnje sa Mlečanima i Austrijancima protiv kojih će Osmanlije u budućem periodu voditi niz ratova.
