Jedna od najvećih tajni bosanskohercegovačke historije srednjeg vijeka je nerasvijetljena smrt kralja Stjepana Tomaša Kotromanića 1461. godine, dvije godine prije propasti Kraljevine Bosne. Detalji o njegovoj smrti su nam uglavnom poznati iz pučke predaje i grubih historijskih činjenica, a takav je slučaj i sa njegovim ranim životom.

Odrastao je u siromašnoj patarenskoj hiži (kući), čuvajući ovce i živeći sa majkom i starijim bratom Radivojem – ne znajući ko mu je pravi otac. Njegova velika ljubav u mladosti je bila seljanka Vojača, također pripadnica Crkve bosanske. Veliku ljubav sa njom je krunisao brakom po načelu Crkve bosanske. Uskoro im se rodio i sin kojem je Vojača dala ime po svom suprugu: Stjepan. Jedne novembarske noći 1443. godine u kuću su mu došli čuvari Bosanskog stanka i rekli mu: “Vaše svjetlosti! Naređeno mi je da Vas dopratim u stolni grad Bobovac…”. Prema predaji tada je saznao da je vabračni sin kralja Ostoje, te da mu je određeno da bude novi bosanski kralj. Ipak, već na početku papa mu je uskratio krunu, kao i ranijim bosanskim vladarima, jer je živio u “nemoralnom braku” koji nije bio sklopljen prema kanonu Katoličke crkve. Papa ga optužuje i da posjeduje vanbračnog sina rođenog u heretičkoj zajednici, kao i da je sam heretik – pataren koji niti jednu crkvenu dogmu ne poštuje. Zbog žudnje za vlašću ubrzo se razveo od Vojače “jer ne htjede vjeru promijeniti”, a da bi spasio državu od osmanske navale i pridobio saveznika, pređe na katoličanstvo te se oženi Katarinom Kosačom. Ipak, papa mu i dalje nije želio poslati krunu jer se i dalje oslanjao na pripadnike Crkve bosanske koji su bili većina u državi. Papa je od njega tražio da svoju kraljevinu očisti od patarena te da “gubu sa zemlje ostruže”. Uz pomoć ugarskih inkvizatorskih trupa Tomaš je započeo veliki progon i likvidaciju pripadnika Crkve bosanske, a samo rijetki su se uspjeli spasiti bijegom u Hercegovu zemlju. Ipak, takva politika je rezultirala samo krnjim uspjehom. Herceg ga je počeo prezirati, a sultanova vojska je bila u blizini. Legenda kaže da se sultan volio oblačiti u siromašnog derviša i sam, na svoje oči, osvjedočiti stanje u Bosni. Jedne prilike su ga prepoznali u Jajcu te to javili kralju, a kralj ga pozva u svoj dvor i sa njime se pobrati. Tu večer je sultan darovao kralja sabljom sa ugraviranom posvetom “pobratimu kralju bosanskom Tomašu i posestrini kraljici Katarini…”. Ipak, ova priča se ne može potkrijepiti niti jednim dokazom.

Bosnom se iznenada proširila vijest da je kralj ubijen, 10. jula 1461. godine. Prema istraživanju Pavla Anđelića, koje je rađeno 70-tih godina prošlog stoljeća, na kraljevskom grobu u Bobovcu, na dijelu skeleta je pronađena iskrivljena i deformisana kičma, lom ključne kosti i proboj prsne kosti poligonalne forme izazvan nekim oružjem polukružne forme od cca 1 cm. Taj ubod je bio vjerovatno uzrok smrti, jer je bio usmjeren na vitalne organe i ne pokazuje tragove zarastanja. Kralj je navodno ubijen kod Orahovice, na izvoru rijeke Une, u sukobu sa hrvatskim banom Pavlom Špirančićem.