Koncentracioni logor Jasenovac prve zatvorenike je primio početkom avgusta 1941. godine. Sam kompleks prostirao se na 210 km, a logori su bili označeni brojevima od I do V (Krapje, Bročice, Ciglana, Kožara, Stara Gradiška). U logor su dovođene dvije kategorije zatvorenika: sa presudama i bez presuda. Posebno je značajna druga grupa, bez presude, koju su činili Srbi, Jevreji, Romi ali i Bošnjaci i Hrvati koji su bili protiv režima Nezavisne države Hrvatske. Dana 22. aprila 1945. godine logoraši Jasenovca, organizovani u dvije grupe: iz logora III – Ciglana i IV – Kožara, u jeku propasti NDH, organizuju proboj iz najzloglasnijeg ustaškog logora tokom Drugog svjetskog rata. Nakon toga su ustaše pristupile likvidaciji preostalih zatočenika, tako da će i posljednja grupa od oko 1 000 logoraša krenuti na juriš u proboj. Preživjelo je 80 logoraša, dok je od 167 zatočenika Kožare preživjelo tek 11. Pripadnici Jugoslavenske armije narednog dana ulaze u logor Staru Gradišku, a u logor Jasenovac 2. maja 1945. godine. O licitiranju broja žrtava danas postoji puno podataka. Srpska strana navodi brojku od 700 000 poginulih, dok se značajan broj hrvatskih političara i historičara zadržao na cifri od 80 000 do 100 000 ubijenih.
Pogibija Bošnjaka u Jasenovačkom logoru je za vrijeme jednopartijskog sistema bila gotovo zanemarena a u prvi plan su isticane srpske i jevrejske žrtve, koje, realno, i jesu najviše stradale. Prema mišljenju Vladimira Dediera i Antuna Miletića, koji su pisali o bošnjačkim žrtvama u Drugom svjetskom ratu, Bošnjaci koji su upućeni u logor Jasenovac su uglavnom bili komunisti i pripadnici NOP-a, tj. partizani. Danas je opće prihvaćeno mišljenje da su među Bošnjacima uglavnom stradali oni koji su bili antifašisti. Međutim, većina njih tada nije ni imala percepciju antifašizma, nego je njihova “krivica” bila spontani otpor ustaškom režimu, što je za rezultat imalo njihovo zatvaranje u logor. Prema svjedočenju zatočenika logora Fahrudina Ajanovića, brojni Bošnjaci koji su stradali nisu pojma imali o komunistima i komunizmu, što im se imputiralo. Glavni razlozi zatvaranja Bošnjaka u logor su bili: verbalno suprostavljanje ustaškom nasilju u cilju zaštite mještana; odlazak u partizane ili ilegalan rad člana familije; pomaganje partizanima ili ilegalnom radu; skrivanje Jevreja; pomoć muhadžirima (izbjeglicama) uprkos ustaškoj zabrani.
Redžo Pandžić Pandžo, rodom iz Nahoreva, kod Sarajeva je bio komandir muslimanske milicije koja je branila narod od četničkih zločina. Uporedo sa otporom kojeg je pružao četnicima, suprostavljao se i zlodjelima ustaša. Kada su ga uhapsili, zajedno sa grupom mještana, prvaci koji su bili naklonjeni NDH u Sarajevu su zahtijevali njegovo puštanje, što je na kraju pod pritiskom i učinjeno. Ipak, Pandžo je zahtijevao da budu oslobođeni i ostali, što je razljutilo ustaše koje su ga deportovale u Jasenovac gdje je ubijen. Hujdur ef. Mumin, je bio veoma ugledan mualim iz Prozora. Mještani su ga pamtili kao veoma poštenog čovjeka pa se kao takav suprostavio ustaškom zločinu nad mještanima Kutima, gdje je i radio. Nakon toga je uhapšen sa trinaest svojih mještana i odveden u Jasenovac, gdje je ispečen u krušnoj peći. U izjavi Ahmeda Jelina Gradskoj misiji za ispitivanje ratnih zločina i njihovih pomagača, broj 463/45 u Mostaru, 3. septembra 1945. godine, piše: “Pristupa Ahmed Jelin iz Mostara, musliman, propisno opomenut iskazuje: 22. novembra 1944. godine povodom mog odlaska u partizanske redove došle su ustaše noću u moju kuću i odveli mi suprugu Ćamilu, rođena 1907. godine i s njom naše troje djece i to Enisa stara 13 godina, Jagoda sedam godina i Zijada stara tri mjeseca. Od tada ne znam šta je sa njima (…)”. O strahotama logora Jasenovac svjedoči i Ulfeta Kurtović iz Bosanske Gradiške: “Moja sestra Šemsa bila je udata za Osmana Hadžijusufovića, studenta medicine, rođenog u Bosanskoj Gradiški. Familija Hadžijusufović bila je dobro bogata. U Banjoj Luci imali su dvije radnje, u Bosanskoj Gradiški nekoliko kuća i radnji, a na Obodovcu veliki silos… Osman je imao dva brata Asifa i Sadika, koji su bili u partizanima. Istog dana kada je moj brat Izet odveden u Jasenovac (gdje je kasnije ubijen), ustaše su opljačkale svu imovinu Hadžijusufovića i uhapsili Osmana i njegove dvije sestre Izetu i Almasu i otpremili ih u logor Jasenovac – Stara Gradiška. Njih su dvije poslije strašnih mučenja ustaše zaklale i na panju spustili niz Savu. Kasnije smo saznali da su neki seljaci prepoznali Adem – agine kćeri i da su ih sahranili. Osman je umro u strašnim mukama (…)”. Smaila Sadovića iz Trebinja ustaške su vlasti osudile na dvije godine i uputile u Jasenovac gdje je ubijen. Priču o njemu je naveo njegov amidžić, njegov imenjak Smail Sadović iz Sarajeva: “(…) Ubijen je 1942/43. godine u logoru Jasenovac. Po priči zatočenika koji su se spasili ubijen je na svirepan način, kao i većina drugih logoraša. Njegov drugi brat Ibrahim, rođen 1908. godine, poginuo je kao partizan 1945. godine u borbama oko Beograda. Treći brat Mahmut, rođen 1912. godine, odveden je na Goli otok, pod lažnom optužbom da je saradnik Informbiroa. Ustvari, bio je potpuno nevin. Njihova majka Salih – aginca nije mogla podnijeti tragediju sinova. Poludjela je i na psihijatriji umrla”.
Dešavale su se i masovne odmazde. Tako su Nijemci i ustaše u Hrasnici kod Sarajeva uhapsile stotinjak mještana, te ih otpremile u Jasenovac gdje ih je 41 ubijeno. O tome svjedoči Mujo Lokvančić iz Hrasnice: “Ubačeni agent u partizanske redove sačinio je spisak saradnika, pomagača i pristalica partizanskog pokreta, kao i njihove rodbine i predao ga njemačkoj komandi (Gestapo). Oko 100 Hrasničana uhapšeno je 13. marta 1943. godine. Nijemci su izdvojili 10 građana koje su kasnije ubili, a ostale su predali ustašama. I ja i moj otac predati smo tog dana, iako sam imao samo petnaest godina (…) Poučeni iskustvom, prije dolaska u logor, nekoliko nas promijenili smo imena i predstavili se pod lažnim imenima. Ja sam zvanično u logoru evidentiran kao Mustafa Bešlija, a i danas me poneko tako zove. To mi je spasilo život, ka i mojim drugovima… Prema mom saznanju, 35 Hrasničana poslije tog hapšenja ubijeno je u logoru, a 40 udovica ostalo je bez muževa (…)”. Familije Redžepović i Medahodžić iz Bosanske Gradiške i familija Mujezinović iz Banja Luke stradale su također od ustaških vlasti jer su pomogle dvjema Jevrejkama – Editi Naibach i Regini Rozner. O tome u izvještaju Župske redarstvene oblasti Banja Luka od 11. rujna 1942. godine stoji: “Dana 21. 8. 1942. t.g. saznala je ova oblast da su dvije židovke pobjegle iz logora Jablanca, kod Stare Gradiške, i da se nalaze u Bosanskoj Gradiški u kući Mine Redžepović. Brzoglasom je zamoljena kotarsta oblast u Bosanskoj Gradišci da se židovke smjesta uhite (…) Ovoj oblasti koja je dala zapisničku izjavu da su ona i Regina Rozner pobjegle 29.08. t.g. iz Jablanca, gdje se nalaze židovke u logoru i da su koristile priliku usljed slabe straže, te pješice stigle u Staru Gradišku. Odbjegle židovke su se prevezle preko Save u B. Gradišku, gdje su kod Mine Redžepović prenoćile jednu noć. Sutradan t.j. 31.08. t.g. židovke su se u kući Redžepović interesirale kako bi mogle otputovati u Banja Luku, pa im je Mina Redžepović, kao i susjedi kuće Redžepović izjavila da one mogu lako otputovati u Banja Luku u zaru da će im ona pribaviti propusnice i da osobne iskaznice ne trebaju, jer muslimanke pod zarom slobodno putuju i nitko ih ne pregledava (…) I Rozernica je toga dana sa samovozom otputovala u B. Luku, pod zarom, a ona je ostala i dalje u B. Gradiški, dok je redarstvo nije uhitilo. U Banja Luci pronađena je dana 02.09. t.g. i uhićena Regina Rozner, u privatnom stanu Vasvije Mujezinović (…) Što se tiče Vasvije Mujezinović kod koje je Regina Rozner dvije noći prespavala protiv iste je po zakonu postupljeno… Imenovane su predane 06.09. t.g. u zbirni logor Stara Gradiška”. U Zapisniku Gradske komisije za utvrđivanje zločina i njihovih pomagača, br. U.G 275/1945, 17.12.1945. godine Afka Musajbegović izjavila je: “Moj muž Daut Musajbegović, radio je kao puškar u Vojno – tenhičkom zavodu. Još u godini 1941., kod nas su bili neko vrijeme sakriveni Jakica Levi i njegova žena Klara (…) Petog septembra 1942. g. došli su ustaški agenti od kojih znam da se jedan zove Josip Pocrnji, porijeklom Mađar, i tražili su moga muža. (…) Uhapsili su tada mene i moju sestru i priveli nas u ustaško redarstvo. Toga dana uhapšen je i moj muž koji je također preveden u ustaško redarstvo. (…) Moj muž 21. septembra 1941. g. otpremljen je u logor Jasenovac [Afka je ranije puštena iz zatvora]. Muž mi se nikada nije javio, ali mi je drug Jelačić Rasim koji radi u željezničkoj radionici pripovijedao da je skupa s mojim mužem dopremljen u Jasenovac…”.
Bošnjaci su bili zatvarani i zbog pomoći izbjeglicama. Posebno je značajna priča o znamenitim Tuzlacima i Tuzlankama, o kojima je pisala Ifaket hanuma:”(…) Ifaket hanuma, kći moćnog i bogatog Bakir bega Tuzlića, udala se za veleposjednika Sead bega Kulenovića… Ikafet hanuma je djelovala skromno, ali se znalo da pati što nema poroda. I bez velikih riječi, ili javnog odjeka, došlo je do rastave braka. Beg Kulenović se utješio s nekom Zagrebčankom, a Ifaket hanuma se udala u Banja Luku… za Suljagu Salihagića, sa kojim je rodila dva prelijepa sina Omera i Halila”. Ifaket hanuma je bila poznata po svom “modernom životu” – jahala je konja, skijala, uživala u vrtu, išla u lov itd, ali je prije svega poštovala tuđu i svoju tradiciju i bila jako odana vjeri. Čim su u Banja Luku počeli stizati muhadžiri iz istočne Bosne i istočne Hercegovine, bježeći od četnika, promijenio se i njezin život. Gotovo cijeli svoj imetak i snagu daje da bi pomogla napaćenim. Obilazi gradove i sela, kupuje hranu i dijeli ih muhadžirima preko Merhameta. Gradonačelnik Bosanske Gradiške, Haki beg Kapetanović ju je dobronamjerno upozoravao da prestane sa tim radnjama jer bi mogla biti kažnjena. Jedne prilike kada je otišla kupiti žito u Gradišku, za muhadžire, ustaše su je uhapsile i otpremile u logor Sata Gradiška. Nakon strahovitog mučenja umrla je u teškim mukama, nakon što ju je jedan stražar spržio vrelim uljem 1944. godine.
Prema dostupnoj dokumentaciji u Jasenovcu je stradalo 1 520 Bošnjaka iz 273 mjesta (grada i sela). Među ubijenim je i 371 Bošnjakinja. Također, stradao je i znatan broj uglednih Bošnjaka: Safet Krupić – književnik i naučnik; Džemil Džemo Krvavac – nadareni književnik koji je pisao pjesme, crtice i eseje; Zijah Zijo Dizdarević – jedan od najtalentiranijih predratnih književnika; Ferid beg Cerić – najuglednija ličnost Bosanskog Novog; Halil Isaković – amidža Alije Isakovića; Abdulah Sidran – amidža pjesnika Abdulaha Sidrana; Džemal Džumhur – brat književnika Zuke Džumhura; Nezira Dizdar – majka književnika Maka Dizdara; Mehmed Ferhatović – otac poznatog fudbalera Asima Ferhatovića Haseta; Mirza Balić i Mustafa Balić – braća poznatog skakača sa Starog Mosta Emira Balića itd.