Ugarski kralj Matija Korvin bio je svjestan da pad dijelova Kraljevine Bosne pod Osmanlije, znači direktan dodir njegove države sa moćnom Osmanskom carevinom. Uporedo sa time nastojao je iskoristiti svježe osmansko prisustvo u Bosni, kako bi proširio teritorij svog kraljevstva na račun Osmanlija u Bosni. Kada je početkom jula 1463. godine sultan Mehmed II izašao iz Bosne, Matija je angažirao veliku vojsku, te je preko Beograda – Virovitice, krajem septembra prešao Savu i sa vojskom napao dolinu Vrbasa. Prvi dana oktobra našao se pred Jajcem te ga stavio pod opsadu. Nakon petnaestak dana borbi ugarska vojska je zauzela varošicu Jajce, a uz pomoć razbijenih četa bosanske vojske, koju su predvodili franjevci, 25. decembra 1463. godine zauzeta je i tvrđavu. Nakon ove faze osmansko – ugarskog rata, u kome su učešće uzele i preživjeli odredi bosanske vojske, rezultati su bili slijedeći: jezgro Bosne sa Vrhbosnom i Bobovcem se i dalje nalazio u sastavu osmanske države. Ugarski kralj je od osvojenih dijelova osnovao Jajačku i Srebreničku banovinu. U prvoj su se nalazila mjesta: Jajce, Banja Luka, Greben, Soko, Jezero, Vijenac, Livač, Komotin, Božac i Zvečaj. U drugoj se nalazio Srebrenik i Tešanj sa nizom okolnih manjih mjesta. Ipak, osmanske provale će se nastaviti sve do 1503. godine kada je nastupilo primirje tako da će određena, navedena mjesta, često mijenjati svoga vladara.
Sve poduhvate koje je ostvario ugarski vladar Matija, prvenstveno treba zahvaliti preživjelim ostacima bosanske vojske i hercegu Stjepanu Kosači. Kada se ugarska vojska približila Jajcu i bosansko stanovništvo je ustalo protiv Osmanlija, vjerovatno da bi sapralo sramotu zbog brzo pada ovog značajnoj srednjovjekovnog bosanskog grada. Prilikom napada na prvu Jajačku kulu bosanska vojska je predvodila napada i zauzela je, dok su istovremeno ugari provalili u varošicu Jajce. U ispomoć je došao i nekadašnji bosanski veliki vojvoda Stjepan Kosača, koji stavi osmansku vojsku u Jajcu pod opsadu. Takvo stanje je primoralo komandanta odbrane Jusuf Hurem bega da se preda. Stjepanov sin Vladislav je i u Hercegovini napao osmanske čete te je vratio Ramu sa gradom Prozorom i župu Skoplje sa gradom Vesela Straža. Nakon ovih događaja 17. januara 1464. godine glavnina ugarske vojske na čelu sa kraljem Matijom napusti Bosnu.
Mehmed II je 12. jula 1464. godine, ponovo sa glavninom vojske došao u Bosnu, tačnije pod Jajce sa namjerom da ga ponovo osvoji. Za sultanov dolazak saznao je i Matija pa je zamolio papu da posreduje u molbi da i Mletačka pošalje svoj odred vojske u ispomoć, jer se nije usuđivao sam napasti osmanskog sultana. Savez evropskih država protiv Osmanlija sačinjavali su: papa, Mletačka republika, bugarski knez Filip i kralj Matija. Udružena vojska trebala je da otpočne napad na Osmanlije u maju mjesecu, ali u konačnici Mletačka nije bila u stanju sakupiti vojsku, pa je poslala 60 000 dukata pomoći. Papska država, koja svakako nije imala vojske, posla još 40 000 dukata pomoći. Od napada je odustao i bugarski knez, tako da je Matija ostao sam u borbi protiv Osmanlija. Mehmed II je uvidio da je Jajačka tvrđava dobro opskrbljena, pa se 22. avgusta 1464. godine povukao sa vojskom, poslije opsade koja je trajala 41 dan. Nakon odlaska sultana, Matija je ponovo nastojao iskoristiti situaciju i proširiti svoj teritorij te u oktobru 1464. ponovo dođe u Bosnu i napade tvrđavu Zvornik. Opsada Zvornika, u kojoj su ponovo učestvovale preživjele bosanske čete, trajala je od 18. oktobra do sredine novembra, kada je ugarska vojska izvela posljednji i najžešći napad na tvrđavu ali bez uspjeha. U kontranapadu osmanske vojske ugari su se panično povukli preko Save, ostavivši za sobom artiljeriju, komore, ranjenike i bolesnike.
Nešto ranije 19. jula 1463. godine Mehmed II, prilikom napuštanja Bosne, naredi velikom veziru Mahmud paši da sa vojskom krene prema Humskoj zemlji – Hercegovini. On je preko Nevesinja i Gacka stigao pred hercegov grad Ključ, čijim zauzećem bi širom bila otvorena vrata Hercegovine. Iako se nije dugo zadržao u Hercegovini Mahmud paša zauze Ključ i Ljubuški te u njih smjesti osmanske posade. Opsjedan je i grad Blagaj ali njega nisu zauzeli. Hercegovinu su branili sinovi Stjepna Kosače. U kontranapadu Vlatko je vratio grad Ključ, dok je Vladislav oslobodio Ljubuški, početkom jula 1463. godine. Kako bi se osvetio za ovaj čin, kao i za ispomoć prilikom ugarskog osvajanja Jajca, Mehmed II 1465. godine pokrenu veliku vojsku protiv Hercegovine. Osmanska vojska na čelu sa Isa begom Ishakovićem, Ismailom i Ahmetom, provali kroz Hercegovinu sve do zapadne dubrovačke granice. U tom naletu zauzeta su mjesta na Drini i grad Blagaj. U decembru je osvojeno i Gacko, tako da su do kraja 1465. godine Osmanlije pokorile Hercegovinu. Istina, ostali su neki gradovi u koje su se sakrile ugarske i bosanske čete koje su se kasnije predale Osmanlijama (Počitelj 1471. i Novi 1482. godine).
Srednjovjekovni bosanski teritorij je zbog previranja na osmanskom dvoru i slabašnog sultana Bajazita I neko vrijeme mirovao. U konačnici novi osmanski sultan Selim I, koji je na prijestolje stupio 1512. godine, poduze napad na Srebreničku banovinu te je iste godine zauze sa gradovima Srebrenik, Tešanj i Soko. Krajem 1527. godine pala je i Jajačka banovina, čime su i konačno srušeni posljednji ostaci bosanskog kraljevstva.
