Oslobođenjem Sarajeva i angažmanom 2. armije u sjevernoj Bosni, Jugoslavenska armija je do kraja aprila 1945. godine oslobodila gotovo kompletno područje Bosne i Hercegovine, sa izuzetkom sitnih džepova gdje su otpor još uvijek pružali ostaci četnika i Hrvatskih oružanih snaga. Na prostoru BiH najveća takva grupa je bila u dijelu Posavine, tačnije na prostoru oko Odžaka. Pripadnici 16. muslimanske brigade već 7. aprila napuštaju Sarajevo i kreću dolinom rijeke Bosne, oslobodivši do 18. aprila Žepče, Zavidoviće, Maglaj i Doboj. Poslije jednodnevnog odmora brigada 19. aprila kreće u dvije grupe – prema Gračanici a zatim i Gradačcu i prema Modriči. U vrijeme pokreta svoja ofanzivna dejstva prema Odžaku je izvodila 24. divizija JA, ali bez većih uspjeha. Dana 23. aprila 16. muslimanska brigada stiže pred Odžak kako bi dala doprinos eliminaciji posljednjeg većeg ustaškog uporišta u BiH. Jedan od najčvršćih ustaških bedema kojeg je trebalo savladati bila je Vlaška Mala. Štab 16. muslimanske brigade je zaključio da se radi o snažnoj grupaciji ustaša nakon čega je u cilju uspješnijeg izvođenja akcije brigada raspoređena na prostoru od Mrke Ade, Balegovaca do Vlaške Male. Istog dana je duž cijelog fronta pokušan prvi ozbiljniji napad koji je odbijen, nakon čega su ustaše krenule u kontranapad koji je uz veliki napor zaustavljen. Niz napada 16. muslimanske brigade koji je izveden do 25. aprila je odbijen. Istog dana Štab 25. divizije, kojem je praktično bila podređena i 16. muslimanska brigada, odlučuje da u sadejstvu 19. i 16. muslimanske brigade, u večernjim satima izvrši napad na uporište Vlašku Malu. Koliko je borba bila žestoka govori podatak da je već prvog dana napada linija šest puta mijenjala vlasnika. Uvidjevši da frontalni napad ne ide lahko, Štab brigade šalje u ustašku pozadinu dijelove svoje jedinice. Ipak, i pored određenih pomaka na prostoru Balegovca ustaše su odbile i ovaj napad pa se brigada do 26. aprila vratila na početne položaje. Prilikom borbi teško je ranjen i komandant brigade, kapetan Spaso Mičić. Teške borbe za Balegovac i Vlašku Malu su vođene i naredna dva dana. Štab 2. jugoslavenske armije je 28. aprila naredio 25. diviziji da napusti položaje prema ustašama kod sela Potočani i uputi se na novi zadatak, dok su navedene položaje preuzeli borci 16. muslimanske brigade, čime je faktički otežana uloga brigade u borbama za Odžak jer ona fizički nije mogla pokriti cijelu dužinu fronta. HOS je već narednog dana iskoristio takvu situaciju te sa 2 500 vojnika napao 16. muslimansku brigadu duž cijelog fronta kojeg je držala. Poslije četiri sata borbi HOS je zauzeo centar varošice Odžak i Potočane. Napad je zaustavljen tek na skelskom prijelazu rijeke Bosne, ali je 16. muslimanska brigada prešla u oskudnu odbranu sa zadatkom strogog zadržavanja linije odbrane na rijeci Bosni kod Modriče. U navedenim borbama od 23. do 28. aprila brigada je imala teške gubitke, oko 200 boraca je izbačeno iz stroja. Glavni krivac ovakve epizode je prvenstveno Štab 25. divizije koji je prepustio brigadi cijelu liniju fronta što su vješto iskoristile ustaše i napale.
Da bi olakšao položaj 16. muslimanske brigade, Štab 27. divizije raspoređuje dijelove 19. brigade na položajima od sela Srnave do Jakeša, nakon čega je 16. muslimanska brigada glavnu pažnju usmjerila na utvrđivanje položaja i izviđanje neprijatelja. Pošto se front skratio, Štab brigade je odlučio da poduzme u noći sa 2. na 3. maj napad na selo Potočane, ali on nije donio nikakve rezultate. Ipak, ovo nije pokolebalo brigadu pa već narednog dana izvodi napad duž cijelog fronta, što je rezultiralo prvim većim uspjehom brigade u Bici za Odžak, kada je vraćeno selo Potočani. Napad je skupo koštao brigadu koja je imala 28 mrtvih boraca. Međutim, HOS je već narednog dana izvršio snažan kontranapad te je ponovo zauzeo Potočane, ali su ga pripadnici 16. muslimanske brigade još jednom vratili u kontranapadu. U večernjim satima 5. maja 1945. godine 27. divizija JA kreće u opći napad na linije koje je branio HOS. Na svom dijelu ratišta 16. muslimanska brigada je iz Potočana krenula u napad te ovladala selima Prnjavor, Bukovica i dijelom sela Gornja Dubica. Ovim prodorom brigada je gotovo u potpunosti razdvojila snage HOS-a na dva dijela. Uvidjevši da se nalaze u teškoj situaciji ustaše su krenule u kontranapad i nakon žestoke cjelodnevne borbe vratile jedinice 16. muslimanske brigade na polazne položaje. Hrabro su se održalo jedino pripadnici brigade u Prnjavoru čime nije dozvoljena mogućnost ustaša da se povežu sa svojim uporištima između Odžaka i Vlaške Male. Obzirom da klasični napadi nisu urodili plodom, odlučeno je da se u noći sa 6. na 7. maj izvrši napad u pozadini, desnom obalom rijeke Save. Napad je potpuno iznenadio pripadnike HOS-a, koji su do tada bili napadani sa juga i jugozapada, pa je brigada u podnevnim satima 7. maja izbila na rejon Donjeg Brezika odakle je krenula u napad prema Gornjoj Dubici. Ipak, ustaše su izvršile žestok napad sa boka poslije čega su uspjeli odbaciti pripadnike brigade, ali ne u potpunosti pa je brigada nastavila borbu. Ipak, obzirom da glavni napad 19. brigade prema Odžaku nije uspio, 16. muslimanskoj brigadi je naređeno povlačenje. Bilo je jasno da zbog nedostatka artiljerije snage JA nisu u stanju da odnesu konačnu pobjedu na Odžaku. Zbog toga na prostor Odžaka stiže 14. brigada iz sastava 53. divizije JA sa artiljerijom, nakon čega je odlučeno da krene opći napad na Odžak 9. maja u 3 sata ujutro. Poslije dvadesetpetominutne artiljerijske paljbe, snage JA su krenule u napad, dok je 16. muslimanska napadala na pravcu Vlaške Male i Gornje Dubice. Međutim, artiljerija nije uspjela eliminisati većinu bunkera, tako da ni ovi napadi nisu donijeli očekivane rezultate. Nakon novog neuspjeha, Štab 27. divizije je donio zaključak da je snage HOS-a nemoguće eliminisati bez upotrebe tenkova i avijacije. Zbog toga je od 3. korpusa JA zatražen angažman tenkova i avijacije.
Do 15. maja 1945. godine eliminisani su gotovo svi njemački otpori u Evropi, a završene su i posljednje borbe JA protiv njemačke grupe armija “E”. Međutim, ustaški džep uz rijeku Savu se i dalje držao i nije slabio. Na svaki napad JA jodgovoreno je žestokim kontranapadom. Bilo je sasvim jasno da su ustaše odlučile na borbu do posljednjeg čovjeka. Ipak, JA je bila izričita da okonča ovu posljednju bitku Drugog svjetskog rata u Evropi, tako da je 3. korpus poslao 15 borbenih aviona. Namjera Štaba 27. divizije je bila da se nakon dejstva avijacije prvo zauzme Odžak, a da se nakon toga eliminiše ustaški džep u Vlaškoj Mali. Za napad na posljednje i najžešće uporište ustaša, Vlašku Malu, određena je 16. muslimanska brigada, kojoj su pridodani dijelovi 19. i 14. srednjobosanske brigade. Prvi avioni JA su počeli izviđanje 22. maja, a onda i bombardovanje koje je trajalo naredna dva dana. Ovim djelovanjem i definitivno su porušeni gotovo svi ustaški bunkeri na cijelom prostoru Odžaka, nakon čega je i 16. muslimanska brigada mogla preći u konačni napad. Glavnina brigade se grupisala u rejonu Sitljike, Prnjavora i Potočana. Nakon što su jedinice 19. i 20. romanijske brigade zauzele varošicu Odžak, 24. maja u 23 sata, i 16. muslimanska je krenula u napad na najjače ustaško uporište, Vlašku Malu. Napad je bio predviđen za 25. maj u 4 sata, ali su to preduhitrile ustaše koje su se odlučile probiti kroz linije na prostoru Krčevice, koje je držala 16. muslimanska brigada, ali je ovaj napad u potpunosti razbijena nakon čega ih je 16. muslimanska brigada nastavila goniti nazad, prema Vlaškoj Maloj. Međutim, ni tamo im nije bilo spasa iz razloga što se prema Vlaškoj Maloj probila 14. srednjobosanska i 19. brigada, koje su dočekale ustaše i potpuno ih eliminisale. Samo u tom napadu ostalo je mrtvo oko 300 ustaša, dok ih je 30 zarobljeno. Time je zvanično okončana uloga 16. muslimanske brigade u Bici za Odžak u kojoj je brigada imala oko 150 mrtvih i 500 ranjenih boraca. Vraćajući se sa borbenog zadatka, brigadu je 28. maja 1945. godine kod Gradačca dočekao Odren bratstva i jedinstva koji joj je dodijeljen na prijedlog maršala Tita. U danima nakon oslobođenja Odžaka JA je likvidirala nekoliko stotina zarobljenih ustaša i civila, a najpoznatiji logor za zarobljenike je bio Burića štala u Garevcu gdje je likvidirano oko 500 pripadnika HOS-a. U svim navedenim radnjama 16. muslimanska brigada nije učestvovala, jer se odmah po okončanju bitke uputila na front prema četnicima čije je ostatke također trebalo eliminisati.
