Prvi sporazum o saradnji između ustaša i četnika potpisan je 27. aprila 1942. godine u Mrkonjić Gradu. Sporazumom je usaglašena spremnost za zajedničku borbu protiv partizanskog pokreta i da će vlasti Nezavisne države Hrvatske zajedno sa četnicima štititi srpska sela od partizanskih napada. Također, dogovoreno je da će hrvatske vlasti garantirali Srbima svu ravnopravnost kao i da će obnoviti njihove domove i crkve. Nizom narednih dogovora definiran je odnos Srba i Hrvata u NDH. Narednih sporazumom, od 28. maja 1942. godine, između predstavnika Ozrenskog, Trebavskog i četničkog odreda “Kralj Petar II” i NDH, regulisani su odnosi između dvije strane i obaveze. Četnici su priznali “vrhovni” suverenitet NDH kao i lojalnost i odanost poglavniku i privrženost NDH. Sa druge strane hrvatski odredi su uspostavili vlast i upravu na području četničkih odreda. Uz to Srbima je garantirano za zaposlenje, prehrana srpskog stanovništva i jednaka prava kao i ostalim državljanima. Od posebne važnosti je dogovor da će ustaše opskrbiti četničke odrede naoružanjem i municijom. Na ovim temeljima otpočela je ustaško – četnička saradnja čiji je osnovni zadatak bio eliminacija zajedničkog neprijatelja – partizana. I za ustaše i četničke dogovor je bio stvar taktike na pravcu ostvarenja strateškog nacionalnog cilja. Do kraja 1942. godine gotovo sve četničke jedinice na prostoru istočne i zapadne Bosne su imale pismene izjave o priznavanju NDH.

Zbog četničko – ustaških sporazuma u istočnoj Bosni se počinju organizirati muslimanske milicije. Sporazumi su bili znak Bošnjacima da je došao u pitanje njihov biološki opstanak. Zbog svega navedenog time je i ugrožen poredak NDH vlasti. Ustaše su na formiranje ovakvih jedinica gledali kao na izdaju Bošnjaka. Od formiranih jedinica posebno se isticala “Dobrovoljačka legija Narodnog ustanka” pod komandom “pričuvnog bojnika” Muhameda Hadžiefendića u kojoj se nalazilo 5 000 do 6 000 ljudi. U stvari, legija je nastala od onih pripadnika koji nisu željeli služiti u hrvatskom domobranstvu. Činilo se da je muslimanska milicija stjecala popularnost među bošnjačkim narodom, prvenstveno zbog samoodbrambenih motiva. Ipak, ustaše su na nju gledale kao prolaznu pojavu u očekivanju da će se njezini pripadnici vratiti svojim prvobitnim formacijama; četnici su u njoj i dalje vidjeli ustašku vojsku, a partizani su nastojali da se milicija čim prije nađe u njihovim redovima.

Iako su ustaško – četnički sporazumi inicirali i zaključeni u zapadnoj Bosni, na području Bosanske krajine, oni nisu praćeni poboljšanju položaja ni vlasti NDH, a ni četničkog pokreta. Upravo, nakon sporazuma ustaše su pretrpjele nekoliko teških poraza. Prvi je bio u istočnoj Hercegovini, a drugi u zapadnoj Bosni. U aprilu 1942. godine partizani su osvojili Borač, kojeg je branilo 600 ustaša. Time je palo najjače ustaško uporište u istočnoj Hercegovini, nakon čega je došlo do pljačke i nasilja nad srpskim stanovništvom. Krajem maja 1942. godine pao je i Prijedor. Srpsko stanovništvo se ponovo našlo na udaru partizana, a ustaše su se pravdale time da je “Prijedor jako muslimansko uporište” i da nije bilo mogućnosti da se brani. Ovim se jasno da zaključiti da su ustaše nastojale na četnike baciti još veći gnjev prema Bošnjacima. Saradnja će biti nastavljena i tokom 1943. godine ali je bilo jasno da je njezin značaj minimalan kao i da su rezultati beznačajni.