Prema podacima iz 1732. godine u Bosanskom ejaletu je živjelo 198 000 muslimana, 113 000 pravoslavaca i 30 000 katolika. Pravoslavaca je bilo za pedesetak hiljada više nego prije deset godina. Razlog tome je u činjenici da su oni naseljavali krajeve Bosne koji su bili bogati pašnjacima i obradivim površinama. Istovremeno je, zahvaljujući aktivnosti franjevaca, zaustavljen odlazak katolika koji su se u ogromnom broju iselili tokom i nakon Bečkog rata.

Muslimani će u narednim godinama doživjeti osjetan pad, uslijed unutrašnjih i vanjskih neprilika. Naime, u periodu od 1729. do 1739. godine u Bosanskom ejaletu je, sa manjim i većim intenzitetom, harala kuga. Obzirom da su urbane sredine bile apsolutno naseljene muslimanskim stanovništvom, oni će podnijeti najveći teret ove kuge. Naročito su velike žrtve bile tokom 1731. i 1732. godine. U pismu od 29. decembra 1731. godine stolački kapetan Osman Šarić piše Dubrovčanima: “Ako budete pitali za bolest: dosleka je iz našeg Stoca izišlo 300 mrtvaca. A sedara svaki dan izlazi četiri do pet mrtvaca, a mi hvala Bogu doslika živimo zdravo”. Smrtnost je zahvatila i brojne druge gradove. U Sarajevu, najvećem urbanom mjestu, 1731. godine došlo je do velikog mortaliteta. Zabilježeni su dani kada je ukopavano i blizu stotinu mrtvih. Početkom decembra 1731. godine zabilježeno je da je u Mostaru umrlo oko 1 000 stanovnika ovog hercegovačkog grada. Brojne žrtve su zabilježene i u Čajniču, Pljevljima, Novom Pazaru, Vučitrnu. Tokom 1731. i 1732. godine u Banja Luci je umrlo više hiljada njezinih građana. Naredne godine broj žrtava kuge je smanjen, a tokom 1734. i 1735. godine ponovo je povećan. Istočna Bosna, koja je u prethodnim godinama bila manje pogođena u poređenju sa ostalim mjestima Bosanskog ejaleta, suočila se 1736. godine sa kugom, koja je uzela veliki broj žrtava. I u naredne tri godine, dok je trajao osmansko – austrijski rat kuga nije jenjavala i odnosila je velike žrtve.

Od kuge su ljudi iz urbanih dijelova bježali na sela i na potpuno nenaseljene planinske predjele u nadi da će tamo pronaći spas. Zabilježeno je da su tih godina brojne kasabe i palanke bile gotovo potpuno prazne. Brojne bašće u Mostaru i Sarajevu su pretvorene u mezarja, dok se u narodu kuga počela nazivati ferlem, morija, pa čak i mubarećija.

Velike žrtve su bile i u mjestima u kojima je živio veliki procenat katoličkog stanovništva: Jajcu, Fojnici i Jelaču. Jedan samostanski ljetopisac je zabilježio da je u periodu od 1729. do 1732. godine stradalo oko 5 000 katolika. Procentualno gledajući, to znači da je stradao svaki peti pripadnik ove konfesije. Slično navodi i fra Bono Bonić u svom “Ljetopisu”. On kaže: “Ove godine (1732) ne osta varoš, grad, ni selo, gdi ne bi kuge goleme. I pomori po Bosni baš dosta krstijaske čeljadi, a turskoj se ne zna ni broja”. I fra Nikola Lašvanin slično piše. Navodi da je samo na području Fojnice 1732. godine umrlo 57 kršćana i oko 1 200 muslimana. Obzirom da su se Bošnjaci (muslimani) tih godina borili na ruskom i perzijskom frontu, kao i u osmansko – austrijskom ratu, broj muslimana je znatno smanjen.