Ideologija srpskog velikodržavlja ima svoju duboku historijsku, političku i duhovno – idejnu pozadinu. Brojne činjenice svjedoče da uzroci agresije na Bosnu i Hercegovinu devedesetih godina XX stoljeća nisu bili ugroženost i neravnopravnost srpskog naroda, već težnja velikosrpskih krugova da unište državu BiH, kao ključnu prepreku u realiziranju zacrtanog cilja, starog gotovo 200 godina. Pod patronatom Sjedinjenih Američkih Država krajem 1995. godine okončana je agresija i rat Dejtonskim mirovnim sporazumom. U Dejtonskom sporazumu sadržano je mnogo zadatih ciljeva i principa za obnovu BiH. Ipak, i poslije 1995. godine znatan utjecaj na BiH je imalo susjedstvo koje je i kreiralo agresiju i čije nastojanje je bilo u nastavku rušenja temelja državnosti BiH.

Da srpske hegemonističke pretenzije nad Bosnom nisu prestale niti nakon agresije svjedoče riječi Dobrice Ćosića: “Dva veka mi imamo jedan isti cilj, a to je borba za oslobođenje i ujedinjenje srpskog naroda. (…) Obmanula nas je istorija, obmanuti smo sami, obmanuo nas je svet, obmanula su nas naša braća koja su sa nama zajedno ušla u zajedničku državu (…) Nijedan ratni cilj nije ostvaren samo u rovu. Nijedna ratna pobjeda nije zaključena oružjem. Svi su ratni ciljevi u istoriji sveta ostvareni u miru, produžavani u miru (…) Cela ta zamisao o državi Bosni i Hercegovini, ceo taj projekat, to je, braćo i sestre, jedan istorijski provizorijum (…) Mi moramo da zaključimo mir, da bismo u miru završili rat i ostvarili naše istorijske ciljeve.” Slične stavove ponovio je i Radovan Karadžić 1. i 2. aprila 1996. godine na sjednici Skupštine Republike Srpske. I pored činjenice da je potpisan Dejton, izjavio je: “Mi hoćemo da postanemo Srbija i da postanemo jedna nacija.”

Srpska strana prihvatila je Dejtonski sporazum prvenstveno pod pritiskom vojne sile NATO-a i činjenice da su bili pred vojnim porazom. Sinod Srpske pravoslavne crkve (SPC) bio je jedan od najoštrijih protivnika Dejtonskog sporazuma, “tvrdeći da je on Srbima donio samo štetu jer se nisi ujedinili”. Srpska elita se odlučila na strategiju “čekanja” najpovoljnijeg momenta za realizaciju svojih planova. Tako je 1997. godine održan okrugli sto “Srpski narod u novoj geopolitičkoj stvarnosti”, kada su jasno precizirani ciljevi i taktika srpskog naroda: ujedinjenje entiteta RS i Srbije kao trajni strateški cilj. Polazište je bilo – da rijeka Drina treba da “spaja srpski narod”. Na spomenutom skupu na Fruškoj gori naročita pažnja posvećena je sprečavanju povratka Bošnjaka i Hrvata u RS. Definirajući strategiju sprečavanja povratka izbjeglica na skupu je istaknuto: “(…) Najveća opasnost za prosperitet Republike Srpske jeste Aneks 7 Dejtonskog sporazuma, tj. Sporazum o izbjeglicama i raseljenim licima (…) Sa stanovišta srpskih nacionalnih interesa taj sporazum je mač sa dvije oštrice. Njegovim sprovođenjem se gubi koheziona moć RS, a jača uloga onih snaga koje RS utapaju u jedinstvenu državu BiH, i, što je još teže, interese srpskog naroda potčinjavaju interesima muslimana [velikosrpski hegemonisti nikada nisu prihvatili historijski naziv za jedan narod!]”. Da je ovaj plan uspio svjedoči podatak da se do početka 2004. godine nije vratila ni 1/3 onih koji su protjerani sa svojih predradnih ognjišta.

Zagovornici velikosrpske politike u postdejtonskom periodu su posebnu energiju ulagali u politiku negiranja kontinuiteta državnosti BiH. Polazna osnova i ishodište svih razmatranja o BiH jeste teza da se radi o “državnoj zajednici nastaloj u Dejtonu”. Istovremeno sa negiranjem BiH forsira se teza da je uspostavljanje samozvane i nelegalne Republike Srpske počelo još u oktobru 1991. godine “na području bivše Republike BiH”. Ovakvi stavovi predstavljaju direktno kršenje odredaba Dejtonskog sporazuma. Naime, sporazumom iz Dejtona BiH nije prestala postojati kao država po međunarodnom javnom pravu. Ona, kao država, nastavlja postojanje međunarodnopravnog subjekta Republike BiH, jer Ustav BiH, član I/1, 1. rečenica, obezbjeđuje državi kontinuitet prema međunarodnom pravu. Dakle, BiH je ista ona država koja je kao RBiH proizašla iz dismembracije SFRJ i koja je 1992. godine na osnovu demokratski izražene volje svojih građana priznata kao nezavisna država.

Srbi u BiH su nakon rata smatrali da RS predstavlja samo prijelaznu fazu prema ostvarenju projekta ujedinjenja svih Srba u jednoj državi. Narodna skupština RS-a je 1997. godine usvojila deklaraciju o “ravnopravnosti i samostalnosti Republike Srpske” kojom je ponovo naglašena privrženost da “na bazi sporazuma o (…) paralelnim vezama između SR Jugoslavije i Republike Srpske, u svakom pogledu doprinese jačanju veze srpskog naroda s obje strane Drine i njegovom konačnom ujedinjenju”. Slična deklaracija je donesena i Skupštini u Beogradu 28. aprila 2001. godine u kojoj je zapisano da su granice između srpskog naroda “postavljene prijevarama i političkim manipuliranjem i silom oružja velikih sila”. U istom dokumentu je navedena konstatacija da još nije ostvareno “pravo na jedinstvenu državnu cjelinu Srba”, ali je najavljena “strpljiva i posvećena borba za duhovni prostor”. O važnosti ovog skupa govori i činjenica da je Mladen Ivanić, tadašnji premijer RS, uputio telegram podrške njegovim učesnicima. U septembru 2002. godine tadašnji jugoslovenski predsjednik i predsjednik vladajuće Demokratske strane Srbije (DSS) Vojislav Koštunica je rekao: “Na Republiku Srpsku gledamo kao na deo porodice koja nam je draga, bliska, privremeno odvojena, ali uvek draga i u našem srcu”. Autentično tumačenje ove Koštuničine izjave ubrzo je dao potpredsjednik DSS Dragan Maršićanin izjavivši da je ujedinjenje Srbije i RS “dugoročni istorijski cilj srpskog naroda” i da to u Srbiji “ne može biti sporno kao neki cilj, kao neka ideja, kao nešto čemu se stremi, kao što su nekad Istočna i Zapadna Nemačka stremile da se ujedine”.

Rušenje Slobodana Miloševića sa vlasti u Srbiji 5. oktobra 2000. godine nije donijelo nikakvu liberalizaciju i demokratizaciju društva. Baš naprotiv, još više je ojačala struja vezivanja “Srbije i RS” i negiranje BiH kao historijske tvorevine. To potvrđuje i izlaganje Gorana Svilanovića, saveznog ministra vanjskih poslova, u njegovom oktobarskom ekspozeu 2001. godine, u kojem kaže: “U odnosima sa BiH (…) SRJ polazi od Dejtonsko – pariskog sporazuma kao okvira koji reguliše kako državno ustrojstvo BiH, tako i osnove njenih odnosa sa susedima (…)”. Srbijanski premijer Zoran Đinđić, komentirajući mogućnost “novog Dejtona” u intervjuu za njemački sedmičnik “Der Spiegel” u 2003. godini rekao je kako bi u slučaju albanskog proglašenja nezavisnosti Kosova, granice i stabilnost u cijelom regionu postali upitni, a u tom slučaju bio bi potreban neki “novi Dejton” da zadovolji interese svih strana. Još oštriji istup napravio je 2007. godine predsjednik Socijalističke partije Srbije Ivica Dačić. Povodom najava da će vlast na Kosovu proglasiti nezavisnost, on je rekao: “Ukoliko dođe do jednostranog proglašenja nezavisnosti Kosova (…) Srbija treba jasno da kaže da će u tom slučaju priznati nezavisnu Republiku Srpsku.”

Kako se u postdejtonskom periodu gledalo na veze između Srbije i RS svjedoči slučaj sa sjednice Skupštine RS, održane 17. avgusta 1996. godine. Obraćajući se prisutim poslanicima, akademik Stevan Karamata, predsjednik Vijeća za regionalno planiranje RS, otvoreno je govorio šta je plan i cilj uspostavljanja “novih” veza sa SRJ. Prema njegovom mišljenju, “nije potrebno naglašavati da se ne radi samo o fizičkim vezama, kao što su saobraćaj, telekomunikacije, energetika i sl. Što te veze budu čvršće, biće jača i RS i Jugoslavija i biće širii jači temelj na kojima će se jednog dana graditi, nadajmo se, jedinstvena srpska država u kojoj će Drina biti kičma, a ne granica”.

Jedna od metoda opstrukcije države BiH je i nastojanje ukidanja Suda BiH i Tužilaštva BiH, kako bi se legalizovao 9. januar koji se obilježavao kao dan RS, ali i da bi se lakše sakrili srpski zločini nad Bošnjacima i Hrvatima u toku agresije. Istovremeno se radi i na planu izjednačavanja “žrtve i krivca”, kroz negiranje genocida i isticanje zločina počinjenih od strane Armije Republike Bosne i Hercegovine. Poricanje genocida nad Bošnjacima najčešće je unutar velikosrpske elite završavalo konstuiranjem teorije o zavjeri protiv Srbije i RS. Slično je razmišljao i Dobrica Ćosić koji je zaključio “da je stvaranje Republike Srpske epohalan događaj kojim je stvorena prva srpska država preko Drine”. To je za Ćosića, i pored počinjenih zločina, “velika istorijska pobeda” i “najznačajniji događaj u istoriji srpskog naroda posle 1878. godine i ujedinjenja Vojvodine i Crne Gore sa Srbijom”. U tom kontekstu, on odbacuje, kako kaže, “muslimanske, džihadske, lažne” podatke o genocidu u Srebrenici. Ćosić zlonamjerno tvrdi da su “Muslimani i njihovi štićenici na Zapadu i Istoku od Srebrenice stvorili muslimanski žrtveni simbol, metaforu srpskog ratnog zločinjenja, muslimanski Aušvic u Bosni i Hercegovini”.

Jedna od metoda antibosanskohercegovačke i antibošnjačke propagande, a koja je kreirana još početkom osamdesetih godina XX stoljeća – nastavljena u posdejtonskom periodu, je propagiranje teze o tzv. srpskim islamistima. Naime, pisci “Memoranduma” su počeli izgrađivati negativne stereotipe o muslimanima kao stranom, inferiornom i opasnom elementu. Među takvima se posebno isticao dr. Darko Tanasković i dr. Miroljub Jevtić, koji su svoj naučni autoritet i rad usmjerili prema ocrnjivanju i diskreditaciji Bošnjaka. Navedeni profesori su u seriji napisa u dnevnoj i revijalnoj štampi, ali i u vojnom sedmičniku Vojska, redovno prikazivali islam kao nasilnički, nazadan i inferioran. Isticalo se da je hrišćanska Bosna srušena u ime islama, jer oni koji su prihvatili islam „izdali su Bosnu“. Razrađujući tezu o islamu kao o okupatorskoj vjeri, oni u svojoj mržnji idu toliko daleko da tvrde da Bošnjaci nisu odgovorni za to, ali da su krivi oni koji pokušavaju da tu „izdaju u potpunosti i opravdaju.

Važnu ulogu u očuvanju, razvoju i promociji velikosrpske ideologije imala je Srpska pravoslavna crkve. I tokom agresije na BiH, SPC je podržavala i služila politici koja se zalagala za granice velike Srbije. Koliko je ta uloga bila važna svjedoči, pored ostalog, i izjava Radovana Karadžića koji je ustvrdio “da nijednu važnu odluku nismo donijeli bez Crkve”. Na osnovu analize zaključaka i stavova SPC nastalih poslije 1995. godine može se zaključiti da je ona jedan od najupornijih i glavnih nosilaca politike stvaranja velike Srbije. To se vidi i iz odluke usvojene na redovnom zasjedanju Sabora SPC u maju 1996. godine po kojoj se, uprkos raspadu SFRJ, zadržavaju jurisdikcije SPC na sve stanovnike pravoslavne vjeroispovijesti na toj teritoriji. Iz ovoga je jasno da je, čim je SPC shvatila da njena želja neće biti realizovana oružjem i da srpska država neće biti u okvirima zamišljene velikosrpske države, ona odlučila da, ako se već u datom trenutku ne može uspostaviti vlast srpske države, bar da očuva vlast srpske crkve među pravoslavnim stanovništvom na cijeloj teritoriji bivše SFRJ. Također, SPC je odigrala važnu ulogu i u afirmiranju i rehabilitaciji zločinačkog četničkog pokreta. Tako je, primjera radi, patrijarh Irinej povodom konačne sudske odluke o rehabilitaciji vođe četničkog pokreta Dragoljuba Mihailovića izjavio da “epilog rehabilitacije Mihailovića treba biti pomirenje srpskog naroda. (…) Istina je najlekovitija za sve nas. I za narod i za Crkvu. I za našu prošlost i za našu sadašnjost i za našu budućnost”.

Sveobuhvatna i ozbiljna analiza srpske politike prema BiH u postdejtonskom periodu nedvojbeno govori o tome da je Srbija planski i sistematski planirala sve ono što su u ratu priželjkivali Slobodan Milošević i Radovan Karadžić. Pojedini srpski akademici, ali sve češće i vladajući srpski političari, otvoreno naglašavaju da je RS “jedina svijetla tačka” koja nudi nadu da će se “političkim putem ostvariti ono što se nije moglo oružanim putem”. Jedan dio novinara i naučnih radnika u BiH i Srbiji posljednjih godina ukazuje na postojanje drugog Memoranduma SANU. U njemu su, prema ocjeni pojedinih autora, sadržani u devet glavnih tačaka putevi i postupci kako se u XXI stoljeću treba voditi bitka za ostvarenje velikosrpskih ciljeva. U spomenutih devet tačaka sadržano je kako to ostvariti: umanjivanjem odgovornosti Srbije za zločine, sprečavanjem slanja najavljenih tužbi međunarodnom sudu susjednih država, insistiranjem na zatvaranju Haškog tribunala, podržavanjem preobražaja srpskih zajednica u jedinstvenu, svesrpsku zajednicu, izazivanjem nemira i nezadovoljstva stanovnika susjednih država, opravdavanjem i neposrednim podržavanjem otcjepljenja RS i drugim “prilagođavanjima” sadašnjim političkim okolnostima. Memorandum I pruozrokovao je masovne ratne zločine i genocid, međutim Memorandum II, prema mišljenju njegovih autora, treba u miru da završi velikosrpske projekte koji nisu realizirani u ratu.