Kapitulacijom Kraljevine Jugoslavije u Aprilskom ratu 1941. godine, Mustafa Mulalić je otvoreno stao protiv komunističkog pokreta na čelu sa Josipom Brozom Titom. Njegovo političko djelovanje se oslikavalo u čestim pismima koje je upućivao bošnjačkim prvacima i zapovjednicima vojnih jedinica u kojima je objašnjavao vlastitu odbojnost komunističkom režimu, borbi Titovih partizana i posljedicama koje bi Bošnjaci i islam imali ukoliko komunistički režim pobjedi u Drugom svjetskom ratu.
Tako u depeši vitezu Ibrahimu Pjaniću, komandantu muslimanske legije u okolini Gračanice, iz marta 1944. godine, piše da Jugoslavija samo kao kraljevina “može da bude i naša i međunarodna stvarnost”. Samo takav poredak može muslimanima jamčiti “opstanak Islama” na ovim prostorima. Muslimani se, stoga, ne trebaju zavaravati iluzijama koje stvara Titova propaganda, “jer partizanstvo vodi u komunistički poredak a ovaj u očitu propast Islama”. “Mi Muslimani ne možemo biti komunisti, jer je to bezbožništvo”, pisao je u pismu “dragom bratu” 14. jula 1944. godine. “Mi komunizam ne možemo ni direktno ni indirektno pomagati, jer bi nam taj rad bio haram [vjerskim propisima zabranjen, op. a.]. Prema komunizmu mi moramo zauzeti određen stav: ili za Islam ili protiv Islama i za komunizam”. Svjestan senzibiliteta Bošnjaka prema svojoj vjeri i tradiciji, njihovog naglašenog formalizma i konzervatizma u poimanju islama, Mulalić je odnos prema Titu nastojao predstaviti u okvirima manihejskog stava – dobra i zla, istine i laži, vjere i nevjere – vješto oslikavajući kontraste u poređenju doktrine Kur'ana i komunističke ideologije. U tom smislu on se oslanjao na ranija iskustva, koja je tokom tridesetih i četrdesetih godina XX stoljeća propagirao Mustafa Busuladžić a koji tvrdi da su “komunizam i islam nespojivi”.
U jednom protupartizanskom proglasu nepoznatih autora iz Tuzle uoči ramazanskog Bajrama 1944. godine napadaju se pojedinci koji šalju ili nagovaraju muslimansku mušku i žensku omladinu da se svrstavaju “u tabor protivnika naše vjere, naših adeta, svetinja, naše porodice i naših malova [imetaka, op.a.].” Kao uporište vlastitim stavovima autori dotičnog proglasa, zagovornici muslimanske samoodbrane po uzoru na hafiza Muhameda ef. Pandžu i Zeleni kadar Nešeta Topčića, navode riječi glasovitog borca za arapska i muslimanska prava Šekiba Arslana, koji je “negdje rekao da je duh komunizma nespojiv sa duhom islama”, što podrazumijeva da onaj ko islamski vjeruje u jednog Boga “ne može biti komunista”. “Bezbožništvo” je bilo jedan od centralnih termina proosovinske i protivsovjetske agitacije među brojnim evropskim narodima kojima se propagiralo da rat protiv Sovjetskog Saveza i Staljina nije samo obični rat nego i rat za opstanak vjere i tradicije, kao i moralnih vrijednosti svakog čovjeka. U decembru 1941. godine na prostoru Vojne krajine, u Nezavisnoj državi Hrvatskoj, se pojavio letak na kojem se nalazila tačna propovijed Velikog muftija Arabije i u kojem je stajalo da je dužnost evropskim muslimanima da podrže njemačku invaziju na Sovjetski Savez. U letku se ističe i pobjeda “islamske stvari” zbog toga što muslimanima nema spasa ukoliko ne pristupe novom poretku, “koji će da spriječi ostvarenje boljševičkih bezvjerskih namjera, a koji se sastoji u uništavanju vjere, slobode, imetka i svih dobara, a koje se namjere ostvaruju tlačenjem naroda i bezobzirnim vladanjem nad njima. Te namjere ostvaruju tlačenjem naroda i bezobzirnim vladanjem nad njima. Nas veseli što vidimo da se to shvaćanje ispoljava u najboljem osjećanju svih muslimana naprama Velikoj Njemačkoj i u ljubavi prema njenom pobjedonosnom vođi Adolfu Hitleru”.
Uz sve navedeno Mustafa Mulalić nije krio duboku povezanost za srpstvo i srpski narod. Njegovo nezadovoljstvo i neprijateljstvo prema komunistima je bilo toliko da je slijepo vjerovao četničkom pokretu Draže Mihailovića, čiji pokret nije bio protiv vjere, ali se njihova ideologija jasno bazirala na istrebljenju Bošnjaka. Svoj ulazak u Dražin štab je obrazložio vjersko – pravnim i ideološkim motivima: “Tito je komunista, a Draža je nacionalista. Tito je za republičko uređenje, a Draža je za monarhiju. I mene je za monarhiju vezala zakletva i preko svoje savjesti nisam mogao da prenesem iznevjerenje zakletve dok je kralj u maloljetstvu i žalosti zbog izgubljenog roditelja, ma kako se o njegovom roditelju sudilo. Ja sam vjernik i vaspitan sam u islamskoj vjeri, koja smatra najvećim (smrtnim) grijehom iznevjeriti maloljetno siroče. Po svom političko – ideološkom opredjeljenju i ja sam nacionalista. Sa komunizmom imao sam identično shvatanje samo u socijalnom i ekonomskom pogledu, ali komunizmu nisam mogao pristupiti jedino zbog ateizma koji je za moj duh nepremostiv jaz.”
