Nakon Bitke kod Blizne 1322. godine, Mladen II Šubić je stradao te je odveden u zarobljeništvo. Time je bila prazna banska stolica u Bosni i Humu. Upravo tada, nakon nestanka Mladena II, koji je potpuno zanemario Kotromaniće kao legitimne vladare Bosne, pružila se mogućnost da Kotromanići konačno stupe na bansko prijestolje u Bosni.
Nakon svega ovoga prve godine vladavine bana Stjepana II Kotromanića prolazile su u relativnom miru i on je uglavnom bio zauzet sa učvršćivanjem svoga položaja u Bosni. Najbolje sredstvo za učvršćivanje vlasti vidio je u davanju raznoraznih privilegija lokalnom plemstvu. Tako je i prva isprava koja potiče od njega, ona u kojoj on knezu Vukoslavu daje na poklon neke župe 1322. godine. U ispravi stoji: “Po milošću božijoj gospodin vsim zemljam bosanskim i Soli i Usori i Donjim Krajem i Hlemske zemlje gospodin…”. Uz svoje ime kao ravnopravnog vladara navodi i svog brata Vladislava nazivajući ga “brat moj knez Vladislav”. Pretpostavljamo da je Bosnom u početku upravljala zajedno porodica Kotromanića a najistaknutije mjesto je pripalo Stjepanu II Kotromaniću. Ban se pokazao kao veoma sposoban političar koji je za veoma kratko vrijeme Bosnu stavio pod svoju kontrolu, imajući dobre odnose i sa papom i Crkvom bosanskom. Posebno je bio privržen Crkvi bosanskoj kojoj je dopuštao da učestvuje u važnim državnim poslovima. Ostalo je zabilježeno da najviši predstavnici Crkve bosanske nisu polagali nikakvu zakletvu pred banom. Svi njezini poglavari stajali su čvrsto uz bosanskog vladara podupirući njegovu politiku, baš kao i u vrijeme bana Kulina. Godine 1323. oženio se sa Jelisavetom, kćerkom Kujavskog vojvode Kazimira. Nakon ove ženidbe, u spisima se spominje i brak Stjepana II Kotromanića sa kćerkom bugarskog cara, što može značiti da se on tada i po drugi put oženio. Iz ovih brakova, koliko je poznato, imao je troje djece i to sina Vuka i kćerke Katarinu i Jelisavetu.
U prilog tvrdnji da je ban Stjepan bio samostalan vladar Bosne svjedoči isprava kneza Pavla Hrvatinića iz trećeg desetljeća XIV stoljeća. U ispravi se spominje porez koji je Pavle isplaćivao “gospodinu Bosne”. Pribislav, banov dijak – pisar, koji piše spomenutu ispravu, hvali bana Stjepana riječima: “koi držaše ot Save do mora, od Cetine do Drine”. Sačuvana je i isprava kneza Vukoslava iz 1325. godine. Riječ je o ispravi “carta libertatis”, u kojoj on priznaje Stjepanovu vlasti i navodi da sa svojom porodicom živi u Ključu. Intitulacija banove isprave iz 1331. godine glasi: “Az Stipan a zovem svetoga Grgura rab. Ja ban Stipan milostju božijom i moj brat knez Vladislav vsih zemel bosanskih gospodin, i Usore i Hlmske zemle i Dolnim kraj”. Ipak, treba naglasiti činjenicu kako ne postoji isprava sve do 1326. godine u kojoj se Stjepan naziva banom. Postavlja se pitanje šta je bana Stjepana spriječilo da se u prvim godinama svoje vladavine ne naziva banom. Na osnovu dostupne građe, možemo tvrditi da on titulu bana nosi tek od druge polovine 1326. godine ili još vjerovatnije od početka 1327. godine, nakon osvajanja humskog kneštva. Razlog leži u odnosu prema ugarskom kralju Karlu Robertu. Gotovo svi historičari se slažu u tvrdnji da je u prvim godinama vladavine ban Stjepan stajao u vazalnom odnosu prema ugarskom vladaru.
Nakon svrgavanja Mladena II Šubića, dolazi do borbi za vlast u Hrvatskoj između kneza Nelipca i Juraja II Šubića, nasljednika Mladena II. Iako u to vrijeme ugarski vazal, bosanski ban Stjepan II Kotromanić stao je na stranu Šubića. Iz ovog banovog poduhvata da se zaključiti da je vazalni odnos prema ugarskom vladaru bio samo formalne prirode. Ugarski kralj je došao u Hrvatsku i za novog bana postavio Ivana Babonežića. Međutim, nakon odlaska malo je bilo onih koji su ga priznavali. Knez Nelipac je istjerao kraljevsku posadu iz Knina i sam ušao u grad. Sredinom ljeta 1324. godine Juraj Šubić je uz pomoć bosanske vojske i Zadrana počeo opsjedati grad Knin. U ljeto je došlo i do Bitke kod slapova Krke, u kojoj je ban Stjepan dao značajnu vojnu pomoć Šubićima, ali sam nije učestvovao u borbama. Vjerovatno je to bila i sreća po njega, jer su Šubići doživjeli katastrofalan poraz pod Kninom, pa je čak i Juraj II Šubić pao knezu Nelipcu u zarobljeništvo. Želeći da ga spasi zarobljeništva ban Stjepan nastavlja sa vojnim akcijama, ali sa polovičnim uspjehom. Najprije mu je knez Nelipac oteo grad Visuć, ali nešto kasnije ban je uspio da ga povrati. Ohrabren ovim uspjehom ban Stjepan kreće na grad Trogir, pri čemu je nekoliko trgovačkih karavana opljačkano. Stjepan se sukobi sa Nelipcem i oko posjeda u Cetinskoj krajini, a u povratku, najkasnije 1324. godine, porazio je Mihoviloviće i time proširio bansku vlast na prostor Tropolja. Uspio je nametnuti svoju vlast i Hrvatinićima te je po svemu sudeći uspio proširiti svoju vlast na prostor zapadne Bosne. Ban je nastavio da ratuje po Dalmaciji što je uvjetovalo prekidom trgovinskih odnosa sa dalmatinskim gradovima. Godine 1325. vođeni su pregovori oko naknade štete koju su pretrpjeli trogirski trgovci hodeći po Bosni. Već naredne, 1326. godine, obnovljeni su trgovinski odnosi između dalmatinskih gradova i bana Stjepana II Kotromanića i možemo reći da je tada ban sa sigurnošću učvrstio svoju vlast nad cijelom Bosnom, osim na prostoru Huma. Ugarski kralj je 1325. godine za novog hrvatskog bana postavio Mikca Mihaljevića. Iste godine novi ban je zaratio protiv kneza Nelipca a na njegovoj strani je sudjelovala i bosanska vojska pod komandom bana Stjepana. Tokom borbi za Knin, bosanski ban je iskoristio ove sukoba da na svoju stranu pridobije i bosansku feudalnu porodicu Hrvatinića i tako je preko njih osigurao bosansku prevlast nad čitavim prostorom Donjih krajeva (Bosanska krajina), a uspostavljena je i vlast u dolinama rijeke Sane, Une i Vrbasa, kao i na prostoru Duavanjskog i Glamočkog polja. Do kraja 1326. proširio je svoju vlast i na prostru od Cetine do Neretve i Završja.
U Srbiji je 1321. godine došlo do promjene na prijestolju. Umjesto Milutina, koji je umro, na prijestolje dolazi Stefan Dečanski. Došlo je i do građanskog rata, koji će potrajati sve do 1324. godine, između Vladislava i Stefana. Obzirom da je Stjepan II Kotromanić aktivno ratovao u Hrvatskoj, nije imao mogućnosti da se aktivno uključi u ovaj sukob. Međutim, priliku nisu propustila braća Branivojević koja su držala Hum. Iako su samo formalno bili pod vlašću srpskog kralja Dragutina, oni su se sada potpuno osamostalili. Kako se Dubrovnik nalazio u neposrednoj blizini Huma, nastojao je da ovaj posjed dovede pod svoju vlast. Ban Stjepan je veoma brzo našao zajednički interes sa Dubrovnikom i dvije vojske su napale posjede braće Branivojevića. Zanimljivo je da ni Stefan Dečanski a ni njegov sin Stefan Dušan nisu pritekli u pomoć ovoj srpskoj velikaškoj porodici. Do 1326. godine sudbina sve četiri člana porodice Branivojevića je bila zapečaćena. Ban Stjepan je ubio dvojicu, dok je treći – Branko Branivojević pobjegao kod kralja Stefana Dečanskog da traži pomoć ali je bačen u tamnicu u Kotoru. Najgore je prošao Brajko Branivojević, kojeg su Dubrovčani uhvatili i mučili. Time je bosanski ban Stjepan stavio pod svoju vlast i Hum te se nazvao “gospodar humski”. Ovim osvajanjem Bosna je u svoj okvir stavila dio primorja od Dubrovnika pa sve do Neretve, a onda od Neretve do Omiša na ušću Cetine. Time je Bosna 1326. godine prvi put u svojoj historiji izašla na more.
Ban Stjepan je proširio bosansku državu na jug do mora, na sjever do Save, na zapad do doline rijeke Une i Vrbasa i na istok do Drine. Proširio je i svoju titulu te se naziva: “ban Bosne, gospodar Usore i Soli i gospodar Huma”. Njegovu vlast priznali su svi, a Dubrovnik mu je počeo plaćati godišnji porez ili mogoriš, koji su Dubrovčani do tada plaćali samo najistaknutijim vladarima Huma. Stanak bosanski je odlučio da taj mogoriš pripada isključivo bosanskom banu. Stanak su sačinjavali pripadnici najistaknutije bosanske vlatele: Pavlovići, Kosače i Hrvatinići. Svi oni su bili banovi podanici. Ova vjerna služba predstavlja prvo poznato spominjanje jedinstva u Evropi između vladara i vlastele. Vlastela je bila dužna da iskazuje svoju vjernost banu i da mu pomaže, naročito ukoliko bi bile napadnute granice bosanske države. Osvajanje Huma dovelo je i do promjene vjerske slike kada je u pitanju srednjovjekovna bosanska država. Obzirom da je Hum bio naseljen uglavnom pravoslavnim stanovništvom, od tog vremena pojavljuje se i veći broj pravoslavnog stanovništva koji je poremetio procenat pripadnika Crkve bosanske koji su bili u apsolutnoj većini.
Godine 1331. u Srbiji je ponovo došlo do promjene na vladarskom prijestolju. Stefan Dušan je svrgnuo svog oca Stefana Dečanskog i proglasio se srpskim kraljem. Dušan je svu svoju vanjsku politiku usmjerio prema jugu, tj. prema Bizantskom carstvu. Takvo stanje iskoristio je Dubrovnik koji je od Dušana želio kupiti Ston i Pelješac. Sporazum je sklopljen 1333. godine i po njemu Dušan je ustupio Dubrovčanima ova mjesta uz naknadu od 8 000 perpera i plaćanje godišnjeg poreza u iznosu od 500 perpera. Ipak, Dubrovčani nisu mogli povezati čitav dan teritorij jer se između toga nalazio pojas koji je pripadao bosanskom banu. Sada su bili primorani sklopiti i poseban sporazum sa bosanskim banom po kome je Bosna ustupila Dubrovčanima taj teritorij uz plaćanje godišnjeg poreza u visini od 600 perpera.
U vrijeme vladavine bana Stjepana II Kotromanića ponovo je iznjedrio problem pripadnika Crkve bosanske. Obzirom da je glavni oslonac u svojoj politici ban imao upravo u Crkvi bosanskoj, nije mogao da se distancira od njih ali isto tako vodio je pažljivu politiku i prema papi, kako ne bi prouzrokovao novi križarski rat protiv Bosne. Ipak, ban je svojom maestralnom politikom uspio da za sva vremena od Bosne otkloni križarske ratove. Godine 1339. u Ugarskoj je boravio general franjevačkog reda, Gerard. Tu ga je kralj Karlo Robert zamolio da ode u Bosnu i izvidi situaciju. Generala je na samoj granici ljubazno dočekao ban Stjepan. Ban ga je ubijedio da su glavni problem heretici u susjednoj Srbiji a ne u Bosni. Generalni legat je povjerovao u ovo čime je izbjegnut novi rat, ali je između 1340. i 1343. godine u Bosni počela djelovati franjevačka vikarija, te je tek tada počelo organizovano djelovanje katoličke crkve. Došlo je i do izgradnje franjevačkih manastira. Time je ban Stjepan uspio da dobije ono što je htio. Bez ikakvih sukoba za samo dvije do tri godine učinio je ono što križarska vojska nije uspjela oružjem. Crkva bosanska je i dalje zadržala apsolutni primat.
Godine 1342. iznenada umire ugarski kralj Karlo Robert, a na njegovo mjesto dolazi njegov sin Ludovik I Veliki. Ban Stjepan se plašio da bi ovakvo stanje moglo ići na štetu Bosne iz razloga što bi se novi kralj mogao početi miješati u njezine unutrašnje stvari. Obzirom da je i Venecija problematično posmatrala smjenu vlasti, ban Stjepan je stupio u pregovore o saradnji. U ljeto 1343. godine bosanski izaslanik se uputio u Veneciju gdje je predloženo savezništvo. Venecija je oklijevala ali je pristala. Ipak, molila je bana da ne poduzima nikakve samostalne akcije. Veneciji takva politika nije odgovarala jer su bili u ratu sa Nelipcem u Damlaciji i nastojali su bana Stjepana iskoristiti da svoju silu usmjeri prema Nelipcu. Ban nije bio naivan te je brzo uvidio da od ovog savezništva nema ništa. Iznenada je umro i knez Nelipac 1344. godine, što je ponovo navuklo ratne oblake iznad Dalmacije. Ugarski kralj je naredio novom hrvatskom banu Nikoli Baniću da na silu preuzme Knin od kneževe udovice Vladislave. Vladislava je bila spremna predati Knin, ali su je od toga odgovorili Venecija i hrvatski velikaši. Na takav rasplet događaja ugarski kralj Ludovik naredi banu Nikoli da napadne Knin. Nastojeći da iskoristi situaciju i pokaže svoju moć, ban Stjepan pod Knin posla 10 000 bosanskih vojnika. Kneginji nije ostalo ništa drugo nego da se preda. Ugovor je potvrđen u Bihaću 1345. godine. Ludoviku je bilo jasno da glavna uloga rješavanju ovog problema pripada upravo bosanskom banu Stjepanu, te ga je poveo sa sobom do Zagreba, gdje ga je nazvao “brat naš rođak”.
Venecija je i dalje sa velikom nelagodnošću posmatrala novog kralja. Zadar je tada pokušao da se otrgne od venecijanske vlasti, te posla svoje izaslanstvo ugarskom kralju koje je zamolilo kralja za pomoć, kako bi se vratili pod ugarsku vlast. Kralj je to spremno prihvatio te je poslao bana Stjepana sa svojih 10 000 vojnika da pomogne Zadru. Ipak, Zadru se nije moglo pomoći jer su Venecijanci izgradili improvizovano utvrđenje sa 28 kula. Ban Stjepan je tada počeo sa Venecijom da pregovara. Sklopljen je ugovor po kome se ban povukao sa svojom vojskom. Ban je vješto iskoristio i ovakvu situaciju te je za takav poduhvat dobio ogroman mito, a pred kraljem se opravdao time da je njegova vojska bila isuviše slaba da se obračuna sa onom vojskom koja je opsjedala Zadar. Kralj Ludovik nije gubio vrijeme te je spremao ogromnu vojsku za sukob sa Venecijom. Nakon propalih pregovora, kojima je posrednik bio i bosanski ban, u proljeće 1346. godine pod Zadrom se našla ugarska vojska od čak 100 000 pripadnika. U toj vojsci se ponovo našao ban Stjepan. Do odlučne bitke je došlo 1. jula 1346. godine. Nakon strahovite borbe na bojnom polju je ostalo ležati oko 7 000 mrtvih ugarskih vojnika. Venecija je odnijela odlučnu pobjedu, a kao glavni krivac optužen je ban Stjepan. Ban je optužen da je vojne planove odao Veneciji. Iako ove optužbe nisu nikada dokazane, činjenica da je banu odgovarao poraz ugarske vojske kako bi se smanjila njihova borbena moć. Krajem 1346. godine Zadar se konačno predao Veneciji, a 1348. godine sklopljen je mir između Ugarske i Venecije.
U međuvremenu, 1346. godine u Skoplju, kralj Dušan se proglasio srpskim carem. Car Dušan nikako nije mogao zaboraviti da je ban Stjepan preoteo Hum od Srbije pa je bio uporan sa zahtjevima da se ova oblast vrati. Ban Stjepan je to odbio i sve je upućivalo na novi rat. Ipak, ban je ustanovio da je daleko slabiji od cara Dušana čija je vojska već bila dobro uvježbana stalnim ratovanjem na jugu, te je zamolio Veneciju da posreduje u primirju. Caru Dušanu je ovo odgovaralo zbog rata sa Bizantom, te je sklopljeno primirje na tri godine. Bosanska vojska je bez obzira na primirje upadala na teritorij Srbije. Neposredan povod za rat između Bosne i Srbije izazvao je ban Stjepan izgradivši na teritoriju Huma, kod ušća Neretve, tvrđavu. Veneciju je zamolio da ga u slučaju eventualnog sukoba sa carem Dušanom sa mora podrži brodovima. Smatrajući da je njegova vojska dovoljno jaka u decembru 1349. godine, ban Stjepan upade na teritorij srpskog cara kod Konavla i opljačkaše ga. Venecija je još jednom pokušala posredovati ali bezuspješno. Car Dušan je u oktobru 1350. godine pokrenuo vojsku od oko 50 000 konjanika i 30 000 pješaka i napao Bosnu, prešavši rijeku Drinu. Uvidjevši da se ne može suprostaviti ogromnoj sili, ban Stjepan naredi da bosanska vojska pristupi gerliskoj taktici borbe, na način da velikim stablima zakrči glavne puteve i odmetne se u šume i planine, kako bi odatle napadala srpsku vojsku. Bosanska vojska je nanosila velike gubitke carevoj, ali uz pomoć mita Dušan je uspio da prouzrokuje razdor među Stjepanovom vlastelom i vojnicima. Dušan je postepeno zauzimao Bosnu ali dalje od Bobovca nije mogao. Izrevoltiran time naredio je svojoj vojsci da pljačka po Bosni. Međutim, iznenada je car Dušan dobio vijest da je Bizantin pokrenuo veliku ofanzivu u Makedoniji. Car je bio prinuđen da povuče veliki dio vojske iz Bosne ali je ostavio nekoliko garnizona u Humu. Ipak, ban Stjepan je za samo nekoliko mjeseci eliminisao sve garnizone i povratio sve ono što je car zauzeo. Time je ban Stjepan, uz malo sreće, odnio pobjedu u ovom ratu.
Ostatak vladavine bana Stjepana protekla je uglavnom u miru. Ni par incidenata sa Dubrovnikom i Venecijom nije narušilo mir. Pred kraj svoje vladavine ban je uspio da svoju kćerku Jelisavetu uda za ugarskog kralja Ludovika. Vjenčanje je održalo u junu 1353. godine, u vrijeme dok je ban Stjepan bio bolestan. U septembru iste godine umro je bosanski ban Stjepan II Kotromanić. Sahranjen je u Milama kod Visokog, dok neki historičari smatraju da je posljednje dane života proveo u Bosanskom Miloševcu kod Bosanskog Šamca.