U cilju stvaranja etnički čistog prostora i homogenizacije srpskog naroda sa područja cijele istočne Bosne, mjesni srpski nacionalisti sproveli su na prostoru Rogatice jedno od najtežih zlodjela nad nesrpskim stanovništvom tokom agresije na Republiku Bosnu i Hercegovinu. Prema nepotpunim podacima u periodu od 1992. do 1995. godine, oko 1 500 stanovnika Rogatice i rogatičkog kraja nestalo je kao posljedica sprovođenja velikosrpske ideologije. Štaviše, o većini niti pojedinosti nisu poznate osim da su hapšeni, uglavnom, od strane pripadnika Vojske Republike Srpske i paravojnih jedinica SDS-a. Tzv. “Crne liste” koje su konspirativno kreirali čelni ljudi rogatičke Srpske demokratske stranke (SDS) u proljeće 1992. godine, sadržavale su nekoliko stotina imena Bošnjaka, koji su etiketirani kao “opasni po srpsku stvar”. Rukovodstvo rogatičkog SDS-a je sastavilo spiskove Bošnjaka po firmama, gradskim četvrtima i selima, koje je trebalo odmah likvidirati. U vrhu tih spiskova nalazili su se najobrazovaniji Bošnjaci, jer su “oni prirodni neprijatelji Srba i pravoslavlja”, kako je govorio Rajko Kušić, komandant Rogatičke brigade VRS. Pod posebnim nadzorom su bili članovi Stranke demokratske akcije (SDA), a naročito čelni ljudi stranke.
U periodu od februara do juna 1992. godine, više stotina rogatičkih Bošnjaka je, bez ikakvog razloga i povoda, uhapšeno u kućama i stanovima, kao civili – od strane paravojnih formacija SDS-a, na čelu sa zloglasnim Rajkom Kušićem. Mnogi od njih su misteriozno nestali ili su poslužili kao taoci i roblje za razmjenu za uhapšene i zarobljene pripadnike VRS u toku rata. Kada se analiziraju spiskovi uhapšenih, lahko se može doći do zaključka da su prva meta najprije bili edukovaniji Bošnjaci rogatikog kraja.
Jedan od njih je bio i šezdesetjednogodišnji Mustafa Tanković, magistar veterinarskih nauka, koji je skoro cijeli životni vijek proveo kao humanitarac. Nakon višemjesečnog tamnovanja, provociranja, omalovažavanja i ponižavanja (tjeran je da mete gradske ulice i cijepa drva), strijeljali su ga u “živom štitu” 15. avgusta 1992. godine na Ječenu (Rogatica) sa grupom od preko trideset rogatičkih Bošnjaka. Mustafin kolega po struci, pedesetpetogodišnji veterinar Besim Kurtčehajić, sa suprugom dr. Marijom i kćerkom Enisom, živio je i radio u Rogatici više od 20 godina. Uz čišćenje rogatičkih ulica, istovara sprpskog MTS-a i drugih “specijalnih” poslova, i Besim je poslije ponižavanja strijeljan 15. avgusta 1992. godine u “živom štitu”. Diplomirani inženjer šumarstva, šezdesetdvogodišnji Derviš Pašić, bio je poznat i priznat rogatički privrednik i političar. I Derviš je, sve dok ga nisu strijeljali u pomenutom “živom štitu”, bio zadužen za metenje rogatičkih ulica, utovar, istovar i cijepanje ogrjevnog drveta. Uvaženi tridesetčetverogodišnji dr. Adil Mehić, pripadao je mlađoj generaciji rogatičkih intelektualaca. Jako cijenjen među svim stanovnicima Rogatice, ostao je u gradu sve do 19. juna 1992. godine, kada su srpski vojnici okupirali naselje Gračanicu, najstariji dio Rogatice, u kojem je uglavnom živio bošnjački narod. Tada je uhapšeno nekoliko stotina Bošnjaka, a nekoliko desetina ih je ubijeno na kućnom pragu. Dr. Adil Mehić, zajedno sa puncem Hašimom Šetom, tada je potražio spas u kući svog kolege i prijatelja dr. Rađana Bojovića i od tada mu se gubi svaki trag. I diplomirani ekonomista tridesetpetogodišnji Bakir Nalbatić spadao je u mlađu generaciju intelektualaca. Bio je jedan od ključnih ljudi rogatičke Tvornice prečistača. Ostao je u gradu sve do 19. juna 1992. godine, kada su ga “prijatelji” odveli “na sigurno” i od tada mu se gubi svaki trag. Njegov otac pronađen je ubijen u koritu rijeke Gračanice. Imao je 82 godine.
Pored Bošnjaka stradavali su i Srbi koji nisu priznavali velikosrpsku ideologiju i koji su nastojali pomoći Bošnjacima. Jedan od njih je i dr. Zoran Gavrić – rođen kod Visokog, ali je dvadeset godina radio u Rogatici kao stomatolog. Družio se uglavnom sa Bošnjacima i to ga je vjerovatno koštalo života. Početkom maja 1992. godine ubio ga je na Borici Rajko Kušić sa svojom pratnjom, zbog toga što je htio zaštiti svog kolegu i prijatelja sa posla, Ćamila Polju. Iako nije rođeni Rogatičanin, svoj život na prostoru rogatičke općine okončao je legendarni komandant odbrane Žepe i pukovnik Armije Republike Bosne i Hercegovine Avdo Palić. On je 27. jula 1995. godine zarobljen, poslije pada Žepe, te je zatvoren u zloglasni zatvor u Bijeljini. Prema dostupnim podacima, 5. septembra odveden je na razmjenu ali je na prostoru Rogatice ubijen pucnjem u glavu.