Jugoslavenska narodna armija, ugrađena u temelje nove – komunističke Jugoslavije, sve do raspada SFRJ oslanjala se na parolu “bratstva i jedinstva”. Njezina uloga u SFRJ od 1970. godine postajala je sve značajnija, a poslije smrti Josipa Broza Tita 1980. godine, počela je postepeno izmicati civilnoj kontroli i nametala se kao samostalni faktor države u kojoj su prevlast preuzimali velikonacionalni elementi. Smanjenjem brojnog stanja za 30% i reorganizacijom komande 1986. godine nastojalo se poslati u penziju oficirski kadar koji je iznio narodnooslobodilačku borbu tokom Drugog svjetskog rata. Od sredine 1988. godine u strukturi JNA sve se više prožima srpski element a položaj nesrba postaje sve složeniji. U njenom rukovodstvu gubi se karakter zajedničke borbe, uznemiravaju se starješine nesrpske nacionalnosti te se otvaraju rupe za prodor antikomunističkih i fašističkih elemenata. Velikosrpske ideje su do tada duboko zahvatile i JNA u kojoj su Srbi uvijek bili najbrojniji, a koja je godinama stvarala sliku o sebi kao “posljednjem branitelju Titove Jugoslavije”. Vodeći generali JNA postepeno se uključuju u politički život SFRJ i vojsku sve više upotrebljavaju za ciljeve srpskog režima. Iako je JNA imala obavezu da brani suverenitet i teritorijalni integritet Jugoslavije, ona učestvuje u njezinom razbijanju. Novo rukovodstvo JNA u potpunosti se stavilo u službu srpskog velikodržavnog projekta.
Sve do početka osamdesetih godina XX stoljeća rukovodstvo vojske bilo je višenacionalno. Ipak, primjera radi, u užem vojnom rukovodstvu bila su samo četiri generala Muslimana (Bošnjaka): Džemil Šarac, Enver Ćemalović, Asim Hodžić i Rahmija Kadenić. Od sredine osamdesetih godina surovo je kršen otpor dijela kadrova procesima izrođavanja u nenarodnu vojsku, koja se odrekla svoje tradicije i ciljeva. Time je JNA pretvorena u subjekt i sredstvo velikosrpskog režima koji je planirao agresiju. Istovremeno se aktivirao i proces osipanja aktivnog i rezervnog vojnog kadra i jačanja nacionalističkih snaga. U periodu od 1980. do 1991. godine u penziju su otišli gotovo svi učesnici narodnooslobodilačkog rata, izuzev generala Kadijevića. U maju 1988. godine u širem vodećem sastavu SSNO bio je samo jedan Bošnjak – general major Fikret Jakić. U potpunosti je ovladao proces brojčanog prevladavanja kadrova iz srpskog naroda, a smanjivanja iz drugih naroda, posebno Bošnjaka.
Oficirski kadar je nakon formiranja Demokratske Federativne Jugoslavije/Federativne Narodne Republike Jugoslavije u većini bio srpski. Tako je 1947. godine 63% vojnih i političkih rukovodilaca oficirskog kadra JNA bilo iz reda Srba i Crnogoraca (Srba 52% a Crnogoraca 11%). U narednom periodu, od 1947. do 1991. godine, procenat Srba je dodatno povećan. Tako je 1981. godine u strukturi nacionalnog sastava oficirskog kadra JNA postojala potpuna dominacija Srba i Crnogoraca. Oni su u toj strukturi participirali sa 66,2%. Bošnjaka je bilo tek 2,4%, što je u odnosu na 8,4% stanovništva, koliko su činili, bilo znatno nesrazmjerno. Nacionalna neravnopravnost je naročito bila izražena među polaznicima vojnih škola, koje su proizvodile nacionalnu neravnomjernost u starješinskom kadru. U JNA je, u cilju formiranja jednonacionalne – srpske vojske, nemilosrdno i radikalno vršeno “čišćenje” komandnog kadra na nacionalnoj i političkoj osnovi. Iz aktivne službe su odstranjivani svi oni koji su se protivili nacionalizmu, a na visoke funkcije su dovođeni provjereni i poslušni velikosrpski elementi. Čišćenje se naročito aktiviralo 1990. godine kada su smjenjivani svi – od vodnika do generala. Komentarišući ovakav proces Ivan Stambolić je zapisao: “To je Armiju odvelo u krvavo bespuće, sve do njezine konačne porote u obračunu sa svim jugoslavenskim narodima, uključujući i srpski”.
Vojno rukovodstvo se, uključujući i jedinog preostalog “partizanskog” generala Kadijevića, od 1989. godine priklonilo velikosrpskoj politici Slobodana Miloševića i bilo u rukama beogradskog režima. JNA je, posebno od 1990. godine, bila pod političkom kontrolom Srbije. Velikosrpski plan odbrane “srpskih zemalja” na frontu Karlobag – Ogulin – Karlovac – Virovitica, “postavio joj se kao jedini izlaz po principu ‘uzmi ili ostavi'”. Za taj drugi slučaj Milošević i Jović su “pripremili ucjenu – formiranje vojske Srbije i napuštanje JNA”. Nemajući više “moralne i političke snage da se odupre”, JNA je prihvatila “velikosrpski politički i vojni koncept i izgubila jugoslavensko tlo pod nogama”. Od marta 1991. godine JNA je od “zajedničke oružane sile svih naroda”, kako je to definisano Ustavom SFRJ, postala oružana sila Srbije i Crne Gore i njihovih kolaboracionista u Hrvatskoj i BiH. Ta nelegalna – srpska Vrhovna komanda bila je u sastavu: Boris Jović, Jugoslav Kostić, Sejdo Bajramović (Srbija), Branko Kostić (Crna Gora) i Veljko Kadijević (JNA), dok je stvarnu komandu nad JNA preuzeo Slobodan Milošević. Transformacija JNA u nacionalnu vojsku izvršena je na cijelom prostoru Jugoslavije. Vojno rukovodstvo je naredilo svim starješinama koje se ne slažu sa “novom politikom” da napuste JNA. Ipak, pravo osipanje oficirskog kadra otpočelo je tek sa napadom na Sloveniju u ljeto 1991. godine. Uoči napada na Hrvatsku u JNA je bilo 12,6% hrvatskog oficirskog kadra. Vojska je u julu 1991. godine sve više bila nacionalno čista – srpska vojska. Gotovo svi Slovenci su se povukli iz vojske i većina Hrvata, dok Albanaca i Bošnjaka gotovo da nije bilo, te zanemarljiv broj Makedonaca. Početkom septembra 1991. godine zabilježena je masovna praksa odbijanja nošenja “titovke” od strane vojnih obveznika, ali i uklanjanja Titovih slika iz armijskih prostorija. Na uklanjanju Titovih slika iz prostorija posebno je insistirao general Vuk Obradović.
Iako je JNA doživjela poraz u kratkom ratu u Sloveniji, njoj nije niti odgovarao sukob većih razmjera na tom prostoru. Kako su u međuvremenu u potpunosti preovladali velikosrpski elementi u vojsci, Slovenija nije bila od interesa jer se ona nije uklapala u projekat Velike Srbije, tako da je vojska povučena na “srpske granice” u Hrvatsku, a zatim i u BiH. Izbacivanje petokrake i njena zamjena trobojkom, ali i četničkom kokardom, kao i sklanjanje Titovih slika, dovoljno govori o “novoj orijentaciji” JNA. Novi najsnažniji uticaj na JNA imale su Socijalistička partija Srbije i Srpska demokratska stranka BiH. Povlačenjem JNA iz Slovenije i Hrvatske u BiH, prema Joviću u oktobru 1991. godine od 200 000 pripadnika JNA 70% su bili Srbi, a od 100 000 rezervista 75% je bilo Srba.
Krnje Predsjedništvo SFRJ 25. februara 1992. godine donijelo je odluku o prestanku aktivne vojne službe tridesetorici generala i admirala JNA, uključujući i generala Kadijevića. Na njihova mjesta postavljeni su isključivo velikosrpski orijentisani generali i admirali. Milošević je za svega pola godine 1991/92. penzionisao 135 generala od 200, koliko ih je redovno imala JNA. Razlog je bio taj što nisu odgovarali nacionalističkim kriterijima nove vojske. Rukovodstvo je 8. maja 1992. godine donijelo odluku o prihvatanju ostavke načelnika Generalštaba oružanih snaga Jugoslavije, generala Blagoja Adžića i postavljanje na njegovo mjesto generala Živote Panića, kao i odluku o razrješenju komandanta 2. armijske oblasti, generala Milutina Kukanjca. Istovremeno je donesena i odluka o prestanku službe i odlasku u penziju dodatnih 38 generala i admirala. Istovremeno, tokom čitave 1991. godine JNA je, uz podršku organa SR Srbije i SDS-a BiH, radila na destrukciji BiH. Prebacivale su se vazduhoplovne, oklopno – mehanizovane, pješadijske i artiljerijske jedinice i sredstva iz Slovenije i Hrvatske u BiH, čime je stvorena do tada neviđena koncentracija vojne snage na tako malom prostoru. U skladu sa srpskim velikodržavnim projektom (RAM) JNA je izvela prvo agresiju na Hrvatskom i okupirala jednu trećinu teritorije, a zatim i na BiH, uz učešće kolaboracionističkih jedinica SDS-a iz BiH, ali i Srbije i Crne Gore. JNA je postala osnova za formiranje tri nove vojske: Vojske Savezne Republike Jugoslavije, Vojske Srpske Republike Bosne i Hercegovine (kasnije Vojska Republike Srpske) i Vojske Republike Srpske Krajine. Na taj način JNA je i formalno transformisana u tri srpske vojske, iako je bilo jasno da je riječ o jedinstvenoj velikosrpskoj vojsci sa jedinstvenim Generalštabom u Beogradu. Time je istovremeno označen i kraj JNA, koja se pretvorila u snagu i oružje za ubijanje, raseljavanje, pljačku, masovne progone i dr.
