Raspadom Saveza komunista Jugoslavije, nakon propalog 14. vandrednog kongresa partije u januaru 1990. godine, počinje užurban proces demokratizacije političkog života u Jugoslaviji. Centralni izborni komitet SK Bosne i Hercegovine donosi odluku o slobodnoj organizaciji političkih partija. U proljeće 1990. godine u republikama su raspisani izbori. Bili su to prvi višestranački izbori u Jugoslaviji. Prva osnovana stranka na tlu BiH je bila Stranka demokratske akcije (SDA) 26. maja 1990. godine, na čijem čelu se nalazio Alija Izetbegović. U julu se u Sarajevu formira i Srpska demokratska stranka (SDS), sa Radovanom Karadžićem kao predsjednikom. Potom se u septembru osniva i Hrvatska demokratska zajednica (HDZ) sa Davorom Perinovićem na čelu. Savez komunista BiH je promijenio ime u Socijalistička demokratska partija (SDP). Pored navedenih formirano je još petnaestak političkih partija i stranaka, pokreta i inicijativnih odbora.
Jesen 1990. godine bila je ispunjena žestokom predizbornom kampanjom i neviđenim koloritom. U tome su dominirale nacionalne stranke SDA, SDS, HDZ, SK SDP i MBO (Muslimansko bošnjačka organizacija). Prve tri su naročito nastojale probuditi nacionalna osjećanja. I dok su HDZ i SDS imali jake medijske partnere iz Hrvatske i Srbije, SDA je naročito pomoglo njezino klevetanja iz Srbije od gotovo svih srpskih političara i stranaka. Oni su na gotovo svim mitinzima govorili da su Bošnjaci izmišljena nacija i da se trebaju vratiti u “veru svojih pradedova”. Ovakvi ispadi izazvali su kontraefekat, pa su se Bošnjaci počeli sve više vezati za SDA. Kampanja iz Hrvatske je bila dosta suptilnija. Samo su pojedini dijelovi HDZ-a i Hrvatske stranke prava izražavali pretenzije prema Bosni i navodili da je “Hrvatska do Drine”. Ipak, Hrvatskoj je daleko važnije bilo da SDA pridobije u odbor zvani “Politička platforma o budućnosti Jugoslavije”. U njoj je predloženo da svih šest republika Jugoslavije prerastu u samostalne države a da zatim, u postojećim granicama, među sobom zaključe konfederalni ugovor po pogledu Evropske zajednice (danas EU). Platformu je u BiH podržao HDZ, dok ju je SDS kategorično odbacio. SDA ju je primila sa rezervom i naglašavala je da ona ne osigurava optimalan nivo zajedništva. Alija Izetbegović je bio za održavanje Jugoslavije sa čvrstim unutrašnjim vezama i reorganizacijom, ali je odbio obrazovanje “jake federacije” kako su predlagale Srbija i Crna Gora. Nije prihvatio ni ponudu o teritorijalnoj izmjeni granica. Druga bošnjačka stranka, MBO je bila za konfederalno rješenje. Prema izvršenim anketama u BiH je tada 69,3% stanovništva bilo za federalnu opciju, a 30,7% za konfedereciju.
Prvi višestranački izbori održani su 18. novembra 1990. godine. Odaziv birača je bio 77,83% od 3 033 921 registriranih sa pravom glasa. Apsolutnu pobjedu su odnijele nacionalne stranke: SDA, HDZ i SDS. SDP i reformisti su pretrpjeli težak poraz. Dobili su svega 8% glasova i 14 poslaničkih mjesta. Analizirajući rezultate reformisane komunističke partije sa ostalim republikama, u kojima su također održani izbori, onda je SK BiH kao stranka doživjela najveći poraz u Jugoslaviji. Poraz je doživjela i MBO koja je dobila samo 1% glasova i 2 poslanička mjesta. Pošto niti jedna stranka nije imala apsolutnu većinu, pobjedničke nacionalne stranke formiraju koaliciju koja će postojati sve do početka rata. Za predsjednika Skupštine izabran je Momčilo Krajišnik iz SDS-a, za podpresjednika Mariofil Ljubić iz HDZ-a, dok je za generalnog sekretara izabran Avdo Čampara iz SDA, za predsjednika Vijeća građana dr. Abdulah Konjicija iz SDA, a Petko Čančar iz SDS-a za predsjednika Vijeća općina. Predsjednik vlade je postao Jure Pelivan iz HDZ-a. Od 22 ministarska mjesta, 10 je pripalo SDA, 7 SDS-u i 5 HDZ-u. Vlada je formirana tek krajem januara 1991. godine. Izabrano je i sedmočlano Predsjedništvo, a za predsjednika je izabran Alija Izetbegović. Ostali članovi su bili: Nikola Koljević i Biljana Plavšić iz SDS-a, Franjo Boras i Stjepan Kljujić iz HDZ-a, Fikret Abdić iz SDA i Ejup Ganić kao Jugoslaven.
Novembarska pobjeda opozicionih stranaka značila je kraj socijalističkog poretka u BiH. Opozicija je pobijedila u svim republikama Jugoslavije, osim u Srbiji i Crnoj Gori, koje su se opredijelile za konzerviranje socijalističkih odnosa uz oslonac na nacionalne partije i pokrete te Pravoslavnu crkvu.
Iako su se vladajuće stranke dogovorile za podjelu vrhovne vlasti, u općinama takav slučaj nije bio. U općinama se nastojala preuzeti sva vlast. Istraživač dr. Vladimir Goati navodi: “Dolaskom opozicionih partija na vlast u BiH, kao i u ostalim postkomunističkim zemljama, počinje proces “čišćenja starih kadrova”. U važnim institucijama, uključujući državnu upravu, ostvaruje se nacionalna homogenizacija, što se bitno razlikuje od ranijeg razdoblja kada se nastojalo da se u svim društvenim i državnim institucijama ostvari mešovito nacionalni sastav. Trend nacionalne homogenizacije ostvaruje se ne samo na nivou Republike, nego i u opštinama. Umesto podele vlasti između stranaka, kao što je slučaj na republičkom nivou, na opštinskom nivou ostvaruje se via facti ‘jedinstvo vlasti’, tj. partija većinske nacije postavlja na sva ključna mesta svoje ljude…”
