Posljednju prepreku na putu međunarodnog priznanja, Bosna i Hercegovina je uspješno okončala referendumom o nezavisnosti. Na isteku drugog dana referenduma, u nedjelju, 1. marta 1992. godine, bila je poznata osnovna činjenica – izjašnjavanje građana je uspjelo. Zvanični rezultati saopšteni su 9. marta: glasalo je 64,31% birača. Protiv nezavisnosti se izjasnilo samo nešto više od 5 000 građana. Računa se da je na referendum izašlo oko 10% Srba uprkos snažnoj kampanji, pa i direktnim prijetnjama od SDS-a protiv ovog čina. Biračka mjesta nisu bila otvorena samo u Drvaru i Bosanskom Grahovu, ali su to opštine sa neznatnim brojem birača.
Referendum je bio uslov koji je nametnula tadašnja Evropska zajednica. Konferencija EZ o Jugoslaviji u novembru 1991. godine formirala je Arbitražnu komisiju sa Francuzom Badinterom na čelu, koju su sačinjavali predsjednici ustavnih sudova pet evropskih zemalja sa zadatkom da procijene legalan status jugoslavenske federacije. U decembru 1991. godine procijenili su da je “Jugoslavija u procesu rasula”, pa su otvorili svojevrsni konkurs za priznanje nezavisnosti. Postavljen je rok od 23. decembra 1991. godine za prijavu.
Bosanskohercegovačko rukovodstvo našlo se u delikatnoj poziciji: ako se kandiduje, imaće pobunu Srba predvođenih SDS-om; ako propusti šansu, BiH će biti progutana od “krnje Jugoslavije” (koncept Velike Srbije nije se u to vrijeme oficijelno spominjao) čime bi bila zapečaćena sudbina BiH u narednih hiljadu godina. Već je bilo izvjesno da je Jugoslavija otišla sa historijske pozornice, a nad BiH se nadvilo prokletstvo njene podjele. Zajedno sa Slovenijom, Hrvatskom i Makedonijom, BiH je stala u red za priznanje nezavisnosti. U odgovoru koji je uslijedio od Badinterove komisije naglašeno je da se nezavisnost BiH “ne može smatrati potpuno usaglašenim”. Srbi su već organizovali svoja tri plebiscita o ostanku u Jugoslaviji. Zato je Badinterova komisija zahtijevala da se održi referendum građana “bez ograničenja i pod međunarodnom kontrolom”.
Odluku o raspisivanju referenduma Skupština Republike je donijela 25. januara 1992. godine. Poslanici iz redova SDS-a napustili su glasanje i to je bio kraj trostranačkog parlamenta. Pripreme za referendum održavaju se u napetim političkim okolnostima. U prvi mah, iz 30 opština u kojima je SDS držao vlast stižu vijesti da se birališta neće otvoriti jer “to njih ne interesuje”. Štampaju se propagandni leci protiv referenduma. Na nekima piše da je to “uvod u rat”, a aktivisti srpske stranke obilaze građane, prijete i upozoravaju. Oglašava se i Banjalučki korpus JNA, koji ocjenjuje referendumsko pitanje “kao obmanu”. JNA koja ističe da je depolitizirana, predlaže da se pitanje preformuliše “da li ste za suverenu BiH u okviru Jugoslavije”.
Dodatne komplikacije nastaju nakon ostavke Stjepana Kljujića na čelnoj poziciji HDZ-a. Bobanova frakcija, koja preuzima liderstvo u HDZ-u, 9. februara 1992. godien formuliše tzv. livanjsko pitanje. Izlazak na referendum uslovljava se dodatkom u okviru referendumskog pitanja “… i suverenih naroda u okviru njihovih nacionalnih područja (kantona).” HDZ je, doduše stidljivo, već izašao sa koncepcijom “Herceg Bosne” i sa iscrtanim nacionalnim granicama. Neizvjesnost je politički otklonjena tek devet dana prije izlaska na birališta. Monsinjor Vinko Puljić pozvao je katoličke vjernike 27. februara 1992. godine da izađu na referendum. To je učinila Katolička crkva sa svojih propovjedaonica, a došlo je i do političke saglasnosti HDZ-a da se podrži odluka o nezavisnosti. Odziv građana hrvatske nacionalnosti bio je iznad očekivanja.
Sa druge strane, SDS je i dalje odvraćao građane od referenduma plašeći ih stvaranjem “muslimanske države”. To je ponukalo Aliju Izetbegovića da na Televiziji BiH 26. februara izjavi: “Spreman sam da se u Ustav ugradi garancija da u narednih 50 godina BiH neće biti muslimanska država”.
Okončanje referenduma predstavlja važnu prekretnicu u modernoj historiji BiH. Ispunjavajući posljednji uslov za međunarodno priznanje, BiH je odnijela sudbonosnu političku pobjedu. Ovim činom omogućen je državni kontinuitet BiH i olakšana odbrana od predstojeće agresije. Koja bi bila posljedica da BiH nije izvojevala nezvisnost, najbolje se vidjelo na primjeru Čečenije u kojoj je trajao rat istovremeno dok je trajala agresije na BiH. Čečenija je ratovala 2 godine a da je pri tome nije priznala niti jedna država. Da nije izvojevana pobjeda na referendumu BiH danas ne bi postojala. Ovako, zastava sa ljiljanima se vijorila na istom riveru i sa ostalim zastavama. Historija ratova je pokazala da je politička pobjeda uslov vojne.
