Brza kapitulacija Kraljevine Jugoslavije u Aprilskom ratu praćena je njenom podjelom između država koje su na nju izvršile invaziju u kratkotrajnom Aprilskom ratu. Kraljevina Jugoslavija je podijeljena između Njemačke, Italije, Mađarske i Bugarske. Proglašenjem Nezavisne države Hrvatske 10. aprila 1941. godine, još uvijek nije bilo riješeno pitanje političkog statusa Bosne i Hercegovine. Naime, u “Privremenim smjernicama”, koje je Hitler donio još prije samog napada na Kraljevinu Jugoslaviju, 3. aprila 1941. godine, bilo je određeno da se “političko uobličavanje BiH prepusti Italiji”. Hitlerovo stajalište bilo je u skladu dogovora između Berlina i Rima, po kojem se Italiji prepušta nadzor sila Osovine nad Sredozemljem, pa prema tome Jugoslavije je stoprocentno trebala pripasti Italiji, dok bi Njemačka tu imala samo ekonomske interese.
Još dok su u toku bile ratne operacije, Hitler 12. aprila donosi odluku o uspostavi Demarkacione linije, kojom je okupirano područje podijeljeno na njemačku i italijansku zonu. Kroz BiH ova linija je išla pravcem Bosanski Novi, Prijedor, Banja Luka, Jajce, Travnik, i dalje kroz Bosnu južno od Sarajeva do Rudog. Sjeverna linija je bila pod direktnim nadzorom Njemačke, a južna Italije. Obzirom da je Hitler još prije uspostave linije analizirao područje i zaključio da je navedeno obilato privrednim bogastvom, nije ni čudo što je sjeverno područje pripalo Njemačkoj. Pod njegovom kontrolom su se našla najveća bosanska industrijska postrojenja, kao što su Vojno – tehnički zavod u Vogošći kod Sarajeva, industrijska postrojenja u Ilijašu i Zenici, nalazište željezne rude u Ljubiji, kao i nalazište boksita kod Mostara. Svi ovi proizvodi su transportovani iz Bosne za potrebe njemačke armije. Ekspoloatacija prirodnih resursa zahtijevala je angažman velike vojne sile, naročito u periodu dok NDH još uvijek nije uspostavila svoj vojni aparat. U neposrednom postokupacijskom periodu na 1 km2 došla su tri okupaciona vojnika, odnosno na 100 stanovnika BiH bilo je nešto više od 5 okupatorskih vojnika. To je bilo pet puta više od evropskog prosjeka u Drugom svjetskom ratu. Otvaranjem novog fronta na istoku i invazijom na Sovjetski savez u junu 1941. godine broj okupatorskih vojnika će se smanjiti, tako da će na 100 stanovnika dolaziti tek jedan vojnik.
Ipak, i pored činjenice da je Hitler namjeravao cijelo područje bivše Kraljevine Jugoslavije prepustiti Italijanima, u Zagreb je 15. aprila stigao njemački opunomoćeni general Edmund Glez fon Horstenau sa razlogom održavanja sastanka između njemačke Vrhovne komande i predstavnika NDH. Na sastanku je raspravljano o organizaciji nove države i njihove vojske. Odmah nakon toga u Zagreb je stigao i SS general Kaše sa zadatkom uspostave poslanstva Rajha pri vladi NDH. Samim time izigran je početni Hitlerov naum, jer sastanku nije prisustvovao niko od predstavnika Italije. Ipak, Bečkom konferencijom, održanoj 21. i 22. aprila, između ministra vanjskih poslova Rajha – Ribentropa i Italije – Ćana, došlo je do preokreta po pitanju statusa BiH. Ribentrop je zastupao mišljenje da istočnu granica NDH treba činiti granica BiH, čime je njemačkim zalaganjem BiH uključena u NDH. Italiji je preostalo samo da otvori konzulate u Sarajevu i Mostaru, te vicekonzulat u Banja Luci. Njoj je bilo posebno stalo do prestiža u BiH, pa s toga nikada nije ni krila želju da je otrgne iz jarma NDH.
Nijemci su u BiH prvenstveno bili angažovani na organizaciji i formiranju hrvatskih oružanih snaga. Već 24. aprila u Sarajevu su se sastali njemački opunomoćeni general u NDH Horstenau i ministar hrvatskog domoranstva, Slavko Kvaternik. Sastanak je iskorišten za organizaciju domobranskih i oružničkih jedinica, koje će na cijelom prostoru NDH biti pod njegovom kontrolom. Kvaternik je istovremeno razvijao drugu aktivnost uvjeravajući građane Sarajeva da su ustaše došle u BiH kao njeni oslobodioci, naglašujući da bez BiH nema hrvatske države ističući da je BiH “najskupocjeniji dragulj” u NDH, a Muslimani “najkorjenitiji dio hrvatskog naroda”. Rimskim ugovorom od 18. maja 1941. godine, priznato je da NDH ima granicu do Crne Gore, čime su Italijani potvrdili da je BiH uključena u NDH. Ipak, posebnom odredbom ugovora uspostavljena je tzv. demilitarizovana zona koja se na sjeveru protezala lancem planina Šator, Cincar, Prenj i Bjelašnica, a na jugu je dosezala do obale, odnosno do italijanske granice u Dalmaciji. Vladi NDH je bilo zabranjeno da u ovoj zoni drži vojsku i mornaricu, kao i da gradi bilo kakve vojne objekte. Tako je “Rimskim ugovorom” suverenitet NDH nad BiH bio formalno sveden na fikciju, a italijanska okupaciona zona dobila je “legalnu” formu. Ovim činom Italijani su u svoju okupacionu zonu poslali eksperte sa ciljem eksploatacije raznih ruda i drugih prirodnih bogatstava BiH. Novi spor je nastao kada je poslanik Kazertano saopćio Paveliću da Italija namjerava zadržati dijelove jugoistočne Bosne (područje gornje Drine do željezničke pruge Višegrad – Foča) i istočne Hercegovine (Gacko, Avtovac, Bileća). Pavelić je bio primoran da odustane od otpora, ali je izbijanje ustanka u Hercegovini i Crnoj Gori poremetilo ovaj spor, tako da su svi zajedno dobili neočekivanog protivnika, koji nije imao obzira ni prema granicama, ni prema okupacionim zonama.
