Zaoštravanje odnosa između Jugoslavenske narodne armije i republičkih vlasti Bosne i Hercegovine sve se više pojačavalo sa razvojem rata u Hrvatskoj. BiH u njemu nije željela da učestvuje, a JNA su bili potrebni novi vojnici – rezervisti, koje nije mogla mobilisati samo sa prostora Srbije pa je nastojala takvu praksu učiniti i na prostoru BiH. Čak niti u Srbiji, gdje je bujao srpski nacionalizam, narod je izbjegavao “dobrovoljno” sudjelovati u borbama, tako da je prema pisanju Beogradske štampe iz Srbije tokom 1991.godine u inostranstvo otišlo preko 100.000 mladih stručnih osoba. Nasilnim upadima JNA na prostor BiH, tokom avgusta i septembra 1991.godine, bilo je pitanje trenutka kada će izbiti oružani sukob. Pripadnici JNA su nastojali otuđiti i vojnu dokumentaciju – evidenciju i kartoteke vojnih obveznika. Tako je tuzlanski korpus pokušao ukrasti dokumentaciju u općinama: Vlasenica, Srebrenica, Lukavac, Modriča, Banovići i Tesliću, ali je zahvaljujući otporu građana to osujećeno. Ipak, pošlo im je za rukom da oduzmu dokumentaciju u Tuzli i Brčkom. Ono što je malo poznato je činjenica da je JNA tim činom zapravo prekršila Ustav iz 1974. godine, iz razloga što je po naređenju Saveznog sekretarijata za narodnu odbranu od 1.septembra 1991.godine dopušteno miješanje JNA u unutrašnje stvari općina. Međutim, postojala je odlična saradnja po tom pitanju između općina u Bosanskoj krajini i istočnoj Hercegovini, u kojima je preovladavalo srpsko stanovništvo, tako da su one u septembru 1991.godine bez ikakvog otpora proglasile autonomni status, čime su samo formalno ostale u sastavu BiH.
Pored stacioniranja korpusa JNA iz Hrvatske i Slovenije, na prostoru BiH je raspoređen i po jedan korpus iz Srbije i Crne Gore. Povodm tog čina beogradski časopis “Vreme” je napisao: “U Bosni su mnogi uvereni da je ovde rat otpočeo 20. septembra 1991.godine, kada su iznenada banule pljačkaške i ratnički raspoložene dobrovoljačke snage Srbije i Crne Gore, uključene u jedinice JNA Titogradskog i Užičkog korpusa…”. U listu “Muslimanski glas” od 2. oktobra 1991.godine u tekstu “Budućnost Muslimana u krnjoj Srbo – federaciji”, za ovakvo ponašanje JNA je navedeno: “Federalna armija se u potpunosti stavila na raspolaganje srpskim hegemonistima i prisvojila naoružanje i ratnu tehniku koju su kupovali svi jugoslavenski narodi. Sada ta armija, nekad jugoslavenska a sada čisto srpska avionima, tenkovima i topovima puca na goloruki narod, ruši bolnice, bogomolje, škole i obiteljske kuće… Enormno skoncentrisani korpusi federalne armije i srpskih i crnogorski rezervisti na teritoriji BiH vrše represiju nad nesrpskim stanovništvom i blokiraju rad legalnih organa vlasti. Infantilni izgovor vojnog vrha da rezervni sastavi Armije imaju zadatak spriječiti međunacionalne sukobe u Hercegovini pokazao se kao beskrupulozna laž kad su pijani rezervisti nasumice počeli mitraljirati okolna sela i džamije, pljačkati trgovine i batinati muslimansku djecu. To je stanovništvo mirnih hercegovačkih sela nagnalo u zbjegove što je izgleda i bio krajnji cilj pijane soldateske da ove krajeve očisti od nesrpskog življa ili da po svaku cijenu izazove ratni sukob u Bosni…”.
Kada su crnogorske vojne jedinice JNA, s namjerom da pljačkaju, pale i razaraju, upale na teritorij istočne Hercegovine, na kraju sav svoj bijes iskale na Dubrovniku koji im je bio krajnji cilj, vođa hercegovačkih Srba Božidar Vučorović je, na proteste iz čitavog svijeta, kao i jednog broja Beograđana, odgovorio: “Pa šta, poslije oslobođenja izgradićemo Dubrovnik ljepšim i starijim”. Titogradskoj “Pobjedi” je nakon totalnog razaranja hrvatskog sela Ravno, prvih dana oktobra 1991.godine, izjavio: “Mogu slobodno reći: Bosne i Hercegovine više nema, niti će je ikada više biti na ovim prostorima. Ta vještačka tvorevina i te avnojske granice, umjesto da nas spoje, još vise su nas zavadile. Naši borci zauzimaju naša izgubljena mjesta i krajeve i nećemo stati dok to jedanput za svagda ne riješimo…”. U ostalim gradovima istočne Hercegovine u Bileći, Gacku i Nevesinju, pucalo se svakodnevno po bošnjačkim kućama i radnjama. U Trebinju je nakon brojnih prijetnji i vatrenih govora Božidara Vučorovića bačena bomba na Osman pašinu džamiju, dok su crnogorski rezervisti pucali na centralnu džamiju u Nevesinju. Iznenadni dolazak velikog broja rezervista iz Srbije i Crne Gore na područje Stoca, Čapljine i Mostara izazvao je veliki strah kod Hrvata i Bošnjaka. U tim gradovima, kako su pisale novine, “ne prestaju rafalne paljbe, posebno noću, zastrašivanja građana, pljačke radnji, voćnjaka, vinograda”. U kafanama su se pjevale pjesme “Vjetar piri, Srbija se širi, Muslimani mali mravi, došli su vam crni dani”. U selima Rodoč, Jasenica, Dračevica i Blagaj čula se i topovska paljba. U selu Opličiću između Stoca i Čapljine je, 23. septembra 1991.godine, vršena rafalna paljba iza leđa Bošnjaka koji su klanjali dženaza namaz. Ipak, neki Srbi su suosjećali sa ovim nedaćama, tako da je pravoslavni svećenik iz Blagaja, Gojko Terzić izjavio: “Meni ovdje nikada nije falila dlaka za glave. I onu noć kada je došlo do paljbe po našim selima ja sam sa porodicom prešao u muslimansku kuću mojih komšija”. U Bosanskoj krajini oni Bošnjaci koji su živjeli u pograničnim predjelima sa Hrvatskom, gdje su trajale borbe, su bili primorani pobjeći iz Bosanske Gradiške, Bosanske Dubice i Bosanskog Novog, iz razloga što im novouspostavljena srpska vlast nije garantovala nikakvu sigurnost uslijed velikog protoka srpskih rezervista. U Tuzli su vojnici – rezervisti iz Srbije, prolazeći vozilima kroz grad 13. oktobra 1991.godine rafalima iz automatskih pušaka oštetili Jalsku džamiju sagrađenu u XVII stoljeću. To je učinjeno baš u trenutku obavljanja podnevne molitve. Početkom oktobra 1991.godine uslijed pljačke rezervista iz Srbije, te ubistva Mehmeda Ganibegovića, iz Šipova je 2.000 Bošnjaka izbjeglo u Jajce i Travnik.
Uprkos ovakvim izazovima Bošnjaci nisu nigdje u BiH oskrnavili objekte Srpske pravoslavne crkve ili vrijeđali pravoslavne svećenike. Međutim, planeri mržnje prema Bošnjacima su sami izvršili diverziju nad dvije pravoslavne crkve. U selu Potpeć, kod Srebrenika, pop Neđo je sam podmetnuo i aktivirao eksploziv u crkvenom dvorištu od čega su u crkvi popucala prozorska stakla. To je vidjela njegova komšinica Joka Pantić, supruga Ljubomira Pantića iz Potpeći i prijavila ga vlastima. Ekstremisti SDS-a su 23. oktobra 1991.godine bacili dvije bombe na Pravoslavnu crkvu u Visokom. SUP je utvrdio da bomba potiče iz skladišta oružja u Vratnici, koje je pod kontrolom SDS-a iz Visokog.