Do kraja 1944. godine front prema Mostaru i Nevesinju bio je pod stalnim napadima 29. hercegovačke i 9. dalmatinske divizije Narodnooslobodilačke vojske Jugoslavije. U ofanzivi njemačkih snaga i Hrvatskih oružanih snaga do 4. februara 1945. godine zauzet je Čitluk, Čapljina i Ljubuški čime su odbačene partizanske snage iz ovog dijela Hercegovine. Tada je Vrhovni štab NOVJ izdao naređenje da partizanske jedinice krenu prem jugozapadu Hercegovine i osvoje Široki Brijeg i Mostar. Već do 5. februara vraćeni su Čitluk, Čapljina i Ljubuški. Sutradan je Štab 8. dalmatinskog korpusa NOVJ izdao naređenje da se izvrši napad na Široki Brijeg. Poslije dva dana borbi, u večernjim satima 7. februara Široki Brijeg je zauzet, a njemačke i hrvatske snage su se povukle prema jugu i formirale novu crtu odbrane na pravcu Keveljača – Miljkovići – selo Varda – k. 331 – k. 262 – Jesenica – Rodoč. Novi zadatak je bio jasan, osloboditi srce Hercegovine odnosno Mostar pošto je Štab 8. korpusa izdao “naredbu 12. februara 1945. godine podčinjenim jedinicama za oslobođenje Mostara.”
Napad koji je trebala izvest 19. dalmatinska divizija 12. februara na pravcu Jastrebinka – Hum – Mostar odgođen je za sutrašnji dan zbog snježne oluje. Napad 26. divizije otpočeo je snažnim artiljerijskim udarom na linije odbrane njemačke vojske na Mikuljači. Na dan operacije prvi uspjeh su ostvarile jedinice 3. i 12. dalmatinske brigade osvojivši Crni Vrh i Jastrebinku, dok su jedinice 11. dalmatinske brigade naišle na žestok otpor sa svoje strane Mikuljače i Keveljači, ali je uz potporu drugih partizanskih jedinica i tenkova prepreka uspješno savladana. Do 14. februara ovladalo se i položajem Varda i kotom 622. Jedinice 29. hercegovačke divizije borbe su vodile na istoku i sjeveru Hercegovine. Jedini uspjeh ove divizije od 14. februara bilo je osvajanje Nevesinja, dok su napadi na Konjic i Bijelo Polje završili neuspjehom. Glavni napad na Mostar išao je dobrim tempom, tako da je do poslijepodnevnih sati 14. februara probijena odbrana oko Mostara. Združene jedinice 8. korpusa su ušle u grad sa zapadne i sjeverozapadne strane. Brigade iz sastava 26. dalmatinske divizije su uz podršku tenkova ovladale svim mostovima na rijeci Neretvi, poslije čega se krenulo prema brdu Hum, južno od Mostara. Ovim činom osovinske snage su se našle u nezavidnom položaju i prijetilo je okruženje, pa je došlo do postepenog povlačenja. Iskoristivši ovakvu situaciju jedinice iz sastava 19. i 29. hercegovačke divizije ulaze u Mostar, a prva je to učinila 12. hercegovačka brigada koja je preko Donje Mahale ušla u gradsku jezgru. Do večernjih sati partizanske jedinice prelaze most kralja Petra Karađorđevića i ulaze u grad sa istočne strane. U večernjim satima partizani su preši i Stari most sa zapadne strane i izbili u istočni dio grada. Preuzimanjem pruge Sarajevo – Mostar njemačke i hrvatske snage su bile primorane na potpuno povlačenje iz grada prema Konjicu. Podršku osvajanja grada dao je i Korpus narodne odbrane Jugoslavije (KNOJ) koji je imao zadatak da osigura vitalne ustanove i objekte u gradu te da likvidira političke neistomišljenike. Cijelo vrijeme izvođenja operacije podršku partizanima je davalo i borbeno zrakoplovstvo NOVJ. Do 6 sati 15. februara 1945. godine Mostar je bio u potpunosti pod kontrolom partizanskih jedinica. Uspješno je spriječeno rušenje mostova preko Neretve, koje su Nijemci minirali kako bi usporili partizansko napredovanje.
Iako je došlo do potpunog raspada u redovima njemačkih i hrvatskih oružanih snaga partizanske jedinice nisu uspjele zadati potpuni udarac neprijatelju. Komandant 8. korpusa NOVJ propustio je dovesti u okruženje i zarobiti ili uništiti njemačke snage i snage Nezavisne države Hrvatske. Glavni razlog tome su pogrešne partizanske obavještajne procjene o protivniku. Prema jugoslavenskoj literaturi tokom borbi za Mostar partizani su likvidirali 3 716 njemačkih i hrvatskih vojnika dok su 1 044 zarobljena. Drugi izvor pak navode podatak o 5 778 poginulih i 1 314 zarobljenih vojnika. Njemački 370. puk potpuno je uništen a u borbama je poginuo i komandant puka Becker. Partizanski gubici iznose 536 poginulih i 1 544 ranjenih boraca, prema jugoslavenskoj literaturi.
Za vrijeme prodora NOVJ prema Mostaru u podnevnim satima 14. februara 1945. godine nekoliko partizana je upalo u franjevački samostan. Fra Lea Petrovića ispitivao je partizanski oficir, te nakon što je završio ostavio je dva partizanska vojnika da paze na franjevce. U večernjim satima došao je Brana Popadić, koji je bio član OZNA-e pri 12. hercegovačkoj brigadi. Nakon ispitivanja naredio im je da čekaju njegov povratak i izašao iz samostana i izdvojio fra Jozu Bencuna, fra Lea Petrovića, fra Rafu Prusinu, fra Bernardina Smoljana, fra Grgu Vasilja, fra Kažimira Bebeka i fra Nenada Pehara. Po izlasku iz samostana Popadić je naredio da se franjevci zavežu žicom i odvedu izvan grada. Fra Grgu Vasilja i fra Jozu Bencuna partizani su mučili a zatim su im objesili kamen oko vrata i bacili u Neretvu na Starom Čekrku. U jednom dokumentu koji se nalazi u Arhivu hercegovačko – neretvanskog kantona stoji iskaz pripadnika ilegalnog NOP-a u Mostaru, u kojem Muhamed “Hamica” Kreso svjedoči kako je 14. i 15. februara 1945. godine “razbojnička družina” iz Donje Mahale u ratnom Mostaru vršila likvidaciju i pljačku. Donja Mahala nosila je naziv “Mala Moskva” jer su se u njoj krili komunistički ilegalci nakon kapitulaciju vojske Kraljevine Jugoslavije 1941. godine. Osim toga imala je i organizovanu partizansku jedinicu jačine voda, koja je dala podršku prilikom konačnog partizanskog napada na Mostar u februaru 1945. godine. Sudjelovali su u zarobljavanju i likvidaciji njemačkih vojnika koji su se povlačili iz Jasenice. Partizanski aktivisti su često angažirali pojedine muslimane da pod krinkom NOP-a izvršavaju razne zadatke. U jednom iskazu stoji kako odgovornost za pokolj mostarskih franjevaca snosi organizacija Mladi Muslimani. Međutim, u zborniku radova fra Leo Petrović “Prvi hercegovački franjevac doktor znanosti”, navodi se kako je likvidaciju sedmorice franjevaca izvršio mostarski kovač Muja Đikić.
Nisu samo mostarski franjevci označeni kao “politički neistomišljenici”. Prema istraživanjima historičarke Blanke Matković jedinice 12. hercegovačke brigade nakon što su ovladale aerodromom Rodoč likvidirale su 32 civila hrvatske nacionalnosti. U zoni odgovornosti 13. hercegovačke brigade, nakon što se ovladalo Bunom likvidirano je 12 žena i djece. Pero Blažević uhićen je nakon oslobođenja Mostara, a ubijen je u Sarajevu nekoliko dana kasnije. Ilija Blažević je likvidiran tokom februara 1945. godine. Marka Cvitanovića su uhapsili pod optužbom da je radio za ustaški pokret. Likvidiran je poslije mučenja sredinom maja 1945. godine. Ubijen je i domobranski oficir stomatolog Anto Cipra koji je radio u vojnoj bolnici u Južnom logoru.
