Sredinom dvadesetih godina XX stoljeća pojedini imami, naročito oni sa područja Cazinske krajine, bivaju sve više izloženi pritisku i napadu od vladajućih političkih garnitura. Nastojeći zaštiti svoja prava učešće uleme u političkim zbivanjima postaje sve otvorenije i bespoštednije i pored činjenice da su važne ličnosti Jugoslavenske muslimanske organizacije (JMO) javno zagovarali odvajanje politike i džamije. Ulema se počinje svrstavati uz kandidate koji su negdje bili po volji lokalnih muslimana, a negde ne. Ulema – medžlis u Sarajevu, naredio je krajem novembra 1938. godine da se vjerski službenici u izbornoj kampanji “uzdrže na odmjerenoj visini”, zabranio je održavanje mahalskih političkih skupova, sastanaka i konferencija u vjerskim zgradama, ali je Širi savjet reisul – uleme kasnije zauzeo stajalište da se ne može potpuno zabraniti političko djelovanje vjerskih službenika, te da ono mora biti u skladu sa njihovim dostojanstvom i zvanjem.

Vremenom su određeni članovi uspostavili aktivnu ulogu u političkom životu Kraljevine Jugoslavije. Jedan od njih je bio i upravitelj Gazi Husrev begove biblioteke i profesor na Višoj islamskoj šerijatsko – teološkoj školi u Sarajevu hadži Mehmed ef. Handžić. On je u novembru 1940. godine održao javno predavanje u prostorijama “Merhameta” u Sarajevu, na temu “Patriotizam, narodnost i nacionalizam sa islamskog gledišta” kojim je nastojao objasniti kako bi se muslimani trebali odnositi prema osjetljivim kategorijama jugoslavenskog društva. Handžić ističe da islamsko učenje ne potiskuje patriotizam i nacionalni osjećaj, ali se protivi zastranjivanju u ispoljavanju vjere i međuljudske solidarnosti. Dalje ističe da vjera ne traži od muslimana da potisne i zaboravi patriotizam, ali zabranjuje ekstremni nacionalizam. Poseban akcenat stavlja na prostor Bosne i Hercegovine, prema kojoj su Bošnjaci uvijek gajili posebno osjećanje. Islam je posebno uticao na jačanje patriotizma kod Bošnjaka, uslijed čega su oni postali najjači element u pogledu patriotizma u BiH, i da su oni jedini koji BiH iskreno osjećaju kao svoju domovinu. Navodi i slučaj nacionalnih identiteta koji su neprihvatljivi za Bošnjake: “Veliku zbrku u pitanju nacionalizma čini to što se u pojam nacionalizma unose i vjerski momenti i što se oni smatraju glavnim i odlučujućim. U mnogo slučajeva nacionalizam pojedinih grupa i nije ništa drugo nego vjerska propaganda i misionarstvo svoje vrste. Tako, na pr., mnogi Srbi smatraju srpstvom pravoslavlje i pored toga znamo da su često puta ti isti Srbi tražili od nas bosansko-hercegovačkih muslimana da se opredijelimo za srpstvo i da se priznamo Srbima. Razumije se da bi samo lud musliman mogao ispovijedati nacionalizam, u kojem je ma što bilo uključeno od elemenata druge vjere osim uzvišenog islama”. O malim izgledima da Bošnjaci prihvate hrvatsku i srpsku nacionalnu ideju pisali su i ostali autoriteti. Tako u raspravi “Naša muslimanska stvarnost”, pedagog Salih Ljubunčić piše: “Ono što se u nas čini i s hrvatske i sa srpske strane, naime da se gotovo svakom nacionalnom radu i nacionalnom aktu daje vjerski, doslovno crkveni, biljeg, čini odnos muslimana prema našem nacionalizmu, već kojem bilo, rahlim i nesigurnim. Ta konfesionalna nota u našem nacionalizmu postaje međutim sve upadnija i sve odlučnija”. Tuzlanski profesor i publicist hadži Ibrahim ef. Čokić insistirao je na vjeri kao središnjoj odrednici identiteta Bošnjaka, naspram koje su sva druga pitanja od sekundarne važnosti. Prema Čokiću, Bošnjaci će se održati kao posebna zajednica samo ako budu dosljedno slijedili vjeru i vjerske propise. Ostajući na neodređenoj poziciji u pogledu “plemenskog” identiteta te zajednice, Čokić naglašava: “Mi muslimani hoćemo, da živimo, hoćemo da vodimo računa o sebi i o svojoj zajednici kao takvoj. Hoćemo da se zna da smo živi i hoćemo da se o nama vodi računa. Mi nećemo kao muslimani, da isčeznemo, nećemo da se stopimo u druge i slično. Mi hoćemo da ostanemo najprije kao muslimani. Kad je to podmireno i na miru, ostalo ćemo, rado odati nacionalizmu, politici, paritiji i drugo. – Sve je kod nas sitnije od vjere. Ona nam je najkrupnija. Ona nas drži kao cjelinu i skupinu, te se zato i vodi o nama računa”.

Premda svojim nastupima ni Handžić ni Čokić nisu podržali niti jedno od dva etnička imena koja su se “nudila” Bošnjacima u monarhističkoj Jugoslaviji, obojica su podržavali prohrvatsku ideju koju je propagirao Hakija Hadžić kroz Muslimansku organizaciju (MO), oponirajući Jugoslavensku radikalnu zajednicu (JRZ) i Mehmeda Spahu na izborima za Narodnu skupštinu Kraljevine Jugoslavije 11. decembra 1938. godine. Međutim, njihovo svrstavanje u prohrvatski tabor nije značilo solidarnost sa Hrvatima u borbi protiv velikosrpske hegemonije niti dokazivanje “hrvatska među Bošnjacima”, već težnja za autonomijom BiH, kako bi se Bošnjacima “nadoknadila šteta i ispravila nepravda, koju su joj načinili vlastiti bivši predstavnici bez pitanja naroda”. Među prioritetima je bila Islamska vjerska zajednica kojoj je Spaho 1936. godine zadao “smrtni udarac ukidajući muftije i na mjesto reisa dovodeći džahila i nemoralnu osobu”. Kako su naveli u predizbornom letku “ako pobjede Spaho i JRZ naša BiH će ostati rasturena i raskomadana u četiri banovine, a naša vjersko – prosvjetna autonomija i samouprava sakata”. Iz ovoga se može zaključiti da su muslimanski vjerski interesi, uz zahtjev za autonomijom BiH, predstavljali glavnu političku akciju uleme koja je podržala Vlatka Mačeka i Hakiju Hadžića na parlamentarnim izborima 1938. godine.