Tokom Drugog svjetskog rata četnici pod komandom Draže Mihailovića su u više navrata opsjedali Višegrad, pri tome vršeći masovna klanja i ubijanja bošnjačkih civila i silovanja žena i djevojaka na prostori cijele teritorije. Samo u periodu od 5. do 10. oktobra 1943. godine ubijeno je više od 2 000 Bošnjaka. Višegradska ćuprija, odnosno most Mehmed paše Sokolovića, postao je simbol masovnog klanja bošnjačkih civila. Nepunih pedeset godina nakon zla iz Drugog svjetskog rata Podrinje, a samim time i Višegrad su se ponovo našli na udaru velikosrpskih elemenata. Prvi višestranački izbori održani 1990. godine utjecali su na podizanje tenzija i u Višegradu i bili su podstrek lokalnim Srbima za razdvajanja po nacionalnoj osnovi u Višegradu. Smatrali su da nisu dovoljno zastupljeni u Skupštini općine, pa su se pod tim opravdanjem počeli odvajati po nacionalnoj osnovi i organizovano naoružavati.
U aprilu 1992. godine Užički korpus Jugoslavenske narodne armije ulazi u Višegrad i stavlja ga pod svoju kontrolu. Poslije toga su militaristički elementi Srpske demokratske stranke (SDS) i druge srpske formacije iz Srbije, počeli sa procesom masovnog pokolja, ubijanja i spaljivanja bošnjačkih civila. JNA je svoj dolazak pravdala “smirivanjem situacije oko hidroelektrane Višegrad”, a u stvari je štitila vojno krilo SDS-a da nesmetano čini zločine. Stvarne zadatke JNA u Višegradu najbolje je opisao Miodrag Petrović, u knjizi “Susreti sa Dobricom Ćosićem – necenzurisani razgovori, koji navodi sljedeće: “Interesujem se ko je porušio tolike kuće pored Rzava. Užički korpus. Objašnjavao sam Vensu – kazuje eks predsednik SR Jugoslavije – da su se tu muslimani uklinili, i da je to njihovo uklinjavanje nadomak granica Srbije bila njihova potajna i svesno vođena politika. (Setih se da jedna ulica u Višegradu, i to od važnijih, nosi ime Užičkog korpusa. Ja sam ga poslao na borbene zadatke – dodaje Dobrica Ćosić – a posle, kad su mi javljali o žrtvama, san me nikako nije hteo.” Između ostalog, u navedenoj knjizi piše i: “Tu je i onaj mladi predsednik opštine Višegrad. Interesujem se za broj stanovnika varoši na Drini. Veli, ima nas oko jedanaest hiljada. A muslimana, koliko je njih? E, muslimana nema. Nijedno”.
Zvanično povlačenje Užičkog korpusa iz Višegrada desilo se 19. maja 1992. godine. Iza sebe su ostavili niz srpskih vojnih formacija koje su cijeli grad i kompletnu teritoriju općine Višegrad držale pod kontrolom. Istog dana su Milan Lukić i Vidoje Andrić ubili Behiju Zukin, njezinog muža Džemail i sina Faruka su odveli, dok su se kćerke uspjele spasiti. Posmrtni ostaci Džemaila i Faruka pronađeni su na lokalitetu Kurtalići i sahranjeni na višegradskom mezarju ‘Stražište’. Behija Zukić je bila prva žrtva Milana Lukića i prva je sahranjena u ‘Stražište’. Izrazito nasilna srpska vojna formacija, a koja je ulijevala najveći strah Bošnjacima Višegrada, bila je grupa navedenog Milana Lukića. Samo u nekoliko sedmica ta grupa je počinila najveći broj zločina u rasponu od pljačke do ubistva. Dana 26. maja 1992. godine organizovani su autobusi koji su trebali deportovati Bošnjake Višegrada. Srpska vojska je taj autobus zaustavila u Bosanskoj Jagodini, istjerala 17 Bošnjaka, te ih pobila. Njihovi leševi pronađeni su u jednoj od masovnih grobnica. U nizu masovnih zločina počinjenih od strane Milana Lukića i Mitra Vasiljevića jedan od najsvirepiji je onaj od 7. juna 1992. godine kada su na obali rijeke Drine ubili pet Bošnjaka, te onaj od 10. juna 1992. godine kada su ubili sedam Bošnjaka, koji su prije toga zarobljeni u fabrici namještaja “Varda”. Mjeseci juni je naročito bio koban za Bošnjake Višegrada. Najgnusniji zločin desio se 14. juna 1992. godine kada je specijalna formacija pod komandom Milana Lukića zarobila je više od 60 osoba, uglavnom žena i djece, odvela ih u kuću Adema Omeragića u Pionirskoj ulici u Višegradu i žive zapalila. Svi su, osim šest osoba, živi izgorili. Jedna od preživjelih žrtava uspjela je razbiti prozor i spasiti sebe i svoje dijete. U izjavi za list “Dnevni avaz” 15. juna 2012. godine navela je sljedeće: “Trebali smo autobusima otići u Olovo ili Kladanj, ali je to otkazano. Ovdje su nas protjerali uz izgovor da će nas tući Zelene beretke iz Babinog potoka. Posljednja sam ušla, a prva sam uspjela razbiti prozor kada je kuća zapaljena”. Dana 27. juna 1992, svega trinaest dana poslije prvog masovnog spaljivanja bošnjačkih civila, u kući Mehe Alića, u Višegradskom mjestu zvanom Bikavac, spaljeno je 72 civila. Najmlađa žrtva bio je jednogodišnji sin (Ensar) i petogodišnja kćerka (Elma) Esada Tufekčića. Jedina preživjela bila je Zehra Turjačanin, koja je s opekotinama po cijelom tijelu uspjela izići iz zapaljene kuće.
Jedinice Vojske Republike Srpske 25. avgusta 1992. godine napadaju selo Velji Luk i tom prilikom ubijaju sedam žena i jednog muškarca, dok su više desetina zatvorili u prostorije osnovne škole “Hasan Veletović”, koja je pretvorena u logor za Bošnjake. U toku avgusta VRS je izvršio i napad na selo Barimo, zapalivši ga do temelja. Tom prilikom ubijeno je 26 bošnjačkih civila. Najstarija žrtva, Hanka Halilović imala je 92, a najmlađi Emir Bajrić tek 12 godina. Srbi su vršili i masovne zločine silovanja. Jedno od mjesta gdje je provođen takav zločin bio je i hotel “Vilin vlas”, koji je tokom agresije također pretvoren u logor za žene i djevojke. Kroz logor je tokom agresije prošlo preko 300 Bošnjakinja. Prema ICTY čak 62% zločina nad Bošnjacima počinjeno je u toku mjeseca juna i jula 1992. godine. Tokom perioda agresije ‘92 – ‘95 ubijeno je oko 3 000 Bošnjaka Višegrada.
Porded lokalnih Srba, veliku ulogu u zločinu nad Bošnjacima imao je i vojni i politički vrh Srbije i Crne Gore (tada Savezna Republika Jugoslavija). Dobrica Ćosić je 11. i 12. marta 1995. godine boravio u Višegradu, “s one strane Drine”, gdje je povodom pedesetogodišnjice objavljivanja romana “Na drini Ćuprija” i dvadesetogodišnjice smrti Ive Andrića, pored njega, i akademika Milorada Ekmekčića i Lubomira Tadića, po Ćosiću bilo, “šezdesetak srpskih književnika”. O toj posjeti, već spomenuti Miodrag Petrović, u svojoj knjizi navodi da je Ćosić tvrdio kako su “sve kuće, od graničnog prelaza do Višegrada uništene topovskim granatama. Sve. Razvaljenih zidova, bez krova, spaljene, do temelja”. U Višegradu je tada, po njemu, “sve mrtvo, jer nema ljudi, samo je Rzav, koji teče s leve strane, živa prisutnost…, svugdje naokolo divljina korova i zapuštenost. Tada je u Višegradu bilo oko 11 000 Srba, a Muslimana nije bilo – nijednog”. Sve bošnjačke kuće u Višegradu je, po Ćosiću, “porušio Užički korpus”, jer su se tu, kako je Ćosić objašnjavao, “muslimani uklinili i da je to njihovo uklinjavanje nadomak granice Srbije bila njihova potajna i svesno vođena politika”. Govoreći o tome, Ćosić tvrdi da je Užički korpus on “poslao na borbene zadatke”, prilikom čega su ubijeni brojni Bošnjaci i izvršeni i drugi oblici zločina protiv čovječnosti i međunarodnog prava. “Posle, kada su mi javljali o žrtvama, san me nikako nije hteo”, navodi Ćosić. U svojoj knjizi “Bosanski rat”, Ćosić iznosi potresno svjedočenje o teškim zločinima na području Višegrada, ne imenujući izvršioce: “A čim pređosmo granicu, ugledasmo spaljene i porušene kuće; selo Dobrun – sve su kuće srušene i spaljene. Nigde stoke, ni psa, ni svrake; pola se pretvaraju u ledine. Pustoš nas onemljuje. Ćutimo i zgranuto gledamo prizor etničkog čišćenja”. Očigledno je riječ o genocidu nad Bošnjacima. Međutim, Ćosić je svjesno izbjegao da navede nad kojim narodom je izvršen taj zločin. Završavajući svoje kazivanje o masovnim zločinima na području Višegrada, Ćosić konstatuje da su “Muslimani odmah po proglašenju nezavisne Bosne i Hercegovine, 6. aprila 1992. godine, krenuli protiv Srba, ubijajući i paleći sve redom (…)”, čime je pružio odgovor na pitanje ko je izvršilac teških zločina na području Višegrada, o kojima on iznosi dokaze. Ipak, Ćosić nije mogao prekriti historijsku istinu tako da u jednom dijelu knjige navodi: “(…) sve do Višegrada srušene muslimanske kuće. I u Višegradu su srušene kuće muslimanskih vođa”.
